人脑肿瘤囊液

该数据集为来自3位不同受试者的人脑肿瘤囊液样本,涵盖分泌性脑膜瘤、囊性神经鞘瘤和囊性高级别胶质瘤三类。样本在不同时间点采集,并包含技术重复

omicsdi
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蛋白质分类Proteomics
Cystic fluid from human brain tumors

基本信息

模态
蛋白质
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-11

资源简介

人脑肿瘤囊液

该数据集收录了来自3位不同受试者的人脑肿瘤囊液样本,涵盖分泌性脑膜瘤、囊性神经鞘瘤和囊性高级别胶质瘤三种类型。样本在不同时间点采集,并包含技术重复,用于蛋白质组学分析。数据集英文名称为 Cystic fluid from human brain tumors,在来源站被归类于肿瘤 / 脑肿瘤方向,主题标签为 Proteomics。整体来看,该数据集以人脑肿瘤囊液为研究对象,通过质谱平台对样本中的蛋白质成分进行检测,为脑肿瘤相关蛋白质组学研究提供原始数据资源。其样本类型、受试者来源、肿瘤亚型及采集时间点等信息,构成了该数据集的核心内容框架。

【数据集背景】

脑肿瘤囊液是肿瘤微环境的重要组成部分,其中可能含有与肿瘤发生、发展相关的蛋白质及其他分子。对该类样本进行蛋白质组学分析,有助于从分子层面了解不同脑肿瘤类型的特征。该数据集聚焦于人脑肿瘤囊液,来源站描述中明确其样本来自3位不同受试者,分别对应分泌性脑膜瘤、囊性神经鞘瘤和囊性高级别胶质瘤。这一设置使数据集覆盖了三种不同的脑肿瘤类型,为比较不同肿瘤囊液样本的蛋白质组成提供了基础材料。数据集的主题标签为 Proteomics,表明其核心研究方向是蛋白质组学。

【数据内容】

该数据集的内容为人脑肿瘤囊液样本的蛋白质组学数据。根据来源站描述,样本来自3位不同受试者:P1_SM 对应分泌性脑膜瘤,P2_CS 对应囊性神经鞘瘤,P3_CG 对应囊性高级别胶质瘤。样本在不同时间点采集,包括 t0、t1 和 t2,其中 t2 仅适用于 SM 样本。此外,数据中还包含技术重复,以 Rep1 和 Rep2 表示。所有 P1 样本均通过 LTQ ORBITRAP XL 进行分析,所有 P2 和 P3 样本均通过 LTQ 进行分析。上述信息构成了该数据集在样本类型、受试者分组、时间点设置、技术重复以及质谱平台方面的主要内容。

【采集与来源】

该数据集的样本为从人体脑肿瘤中获取的囊液,来源站为 omicsdi.org。样本采集自3位不同受试者,分别对应分泌性脑膜瘤、囊性神经鞘瘤和囊性高级别胶质瘤。样本采集时间点包括 t0、t1 和 t2,其中 t2 仅针对 SM 样本。技术重复以 Rep1 和 Rep2 表示。在质谱分析平台方面,P1 样本使用 LTQ ORBITRAP XL,P2 和 P3 样本使用 LTQ。关于样本采集的具体地点、伦理审批信息、受试者临床背景、样本处理流程等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于脑肿瘤囊液蛋白质组学相关研究,尤其是针对分泌性脑膜瘤、囊性神经鞘瘤和囊性高级别胶质瘤的比较分析。由于样本包含不同时间点和技术重复,可用于考察样本在不同采集时间下的蛋白质组变化,以及评估技术重复之间的一致性。同时,由于不同样本使用了不同的质谱平台,该数据集也可用于了解 LTQ ORBITRAP XL 与 LTQ 在脑肿瘤囊液蛋白质组分析中的应用情况。此外,该数据集可作为脑肿瘤分子特征研究、肿瘤囊液生物标志物探索等方向的参考数据。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过来源站 omicsdi.org 获取。使用时可依据样本标识区分不同受试者与肿瘤类型,例如 P1_SM、P2_CS 和 P3_CG。可根据时间点 t0、t1、t2 以及技术重复 Rep1、Rep2 对样本进行分组分析。在数据处理时,需注意 P1 样本与 P2、P3 样本分别使用了不同的质谱平台,即 LTQ ORBITRAP XL 和 LTQ。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程、软件参数等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集包含技术重复,可用于评估技术层面的重复性。样本来自3位不同受试者,覆盖三种脑肿瘤类型,但受试者数量有限。不同样本使用了不同的质谱平台,其中 P1 使用 LTQ ORBITRAP XL,P2 和 P3 使用 LTQ,这可能在平台间引入差异。样本采集时间点包括 t0、t1 和 t2,其中 t2 仅适用于 SM 样本,因此不同样本在时间点设置上并不完全一致。关于数据质量评估指标、缺失值情况、批次效应、统计功效等,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款以及相关发表信息,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000091725

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

从3个不同受试者采集的人脑肿瘤囊液:P1_SM --> 分泌性脑膜瘤 P2_CS --> 囊性神经鞘瘤 P3_CG --> 囊性高级别胶质瘤 样本在不同时间点采集(t0、t1和t2(仅对SM))Rep1和rep2表示技术重复。所有P1样本均通过LTQ ORBITRAP XL进行分析。所有P2和P3样本均通过LTQ进行分析。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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