儿童高级别胶质瘤综合图谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-21420

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

总体而言，儿童高级别胶质瘤（pHGG）预后较差，部分原因在于对其潜在生物学机制的认识不足。因此，我们采用高分辨率244k寡核苷酸阵列比较基因组杂交技术（oligo aCGH）（Agilent Technologies），对38例福尔马林固定石蜡包埋的pHGG样本的DNA进行了分析，其中包括13例DIPG（10例治疗前样本和3例尸检样本）。其增益与缺失模式与成人HGG中所见明显不同。特别是，我们在22%的队列中发现了1q增益，而成人中为9%。在6/38（15%）的pHGG中观察到8p12纯合缺失。该缺失此前在成人或儿童高级别胶质瘤中均未见报道。最小缺失区域为ADAM3A基因，ADAM3A的纯合缺失经定量实时PCR（qPCR）证实。pHGG中这一新型ADAM3A纯合缺失值得进一步研究。通过oligo aCGH在4/38（10%）样本中发现CDKN2A/CDKN2B缺失，并经TMA上的FISH证实，且仅限于幕上肿瘤。

在8%的病例中检测到4q11-13区域扩增，包括PDGFRA和KIT，随后的qPCR分析结果与PDGFRA扩增一致。在2/38份样本（5%）中观察到MYCN扩增，并显示与间变性星形细胞瘤显著相关（p=0.03）。总体而言，DIPG与幕上HGG具有相似的改变谱，但存在一些显著差异，包括17p缺失和14q缺失的高频率以及CDKN2A/CDKN2B缺失的缺乏。据我们所知，本研究是迄今为止使用高通量遗传技术检查的最大DIPG队列。通过Agilent 244K array CGH分析了38份高级别胶质瘤样本，包括13份DIPG（十份治疗前样本和三份尸检样本）。样本BSG 1、2、3、5、6、7、8、9、10和11是十份治疗前DIPG样本。样本BSG 4、12和13是三份治疗后DIPG样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。