MRI分类的SVZ相关胶质母细胞瘤分子特征比较分析
该数据集来自 doi.org，围绕 MRI 分类的 SVZ 相关原发性胶质母细胞瘤（GBM）group I 与 group II 的分子特征比较分析，包含 4 个文件（补充材料文档及 Table S1–S3）
基本信息
资源简介
MRI分类的SVZ相关胶质母细胞瘤分子特征比较分析
Comparative analyses identify molecular signature of MRI-classified SVZ-associated glioblastoma
该数据集来自 doi.org，围绕 MRI 分类的 SVZ 相关原发性胶质母细胞瘤（GBM）group I 与 group II 的分子特征比较分析，包含 4 个文件（补充材料文档及 Table S1–S3）。源站描述显示研究比较两组 GBM 与内源性神经干祖细胞的基因表达谱，揭示细胞周期、染色质状态、细胞形态发生和信号通路失调，并涉及 IDH 未突变背景下代谢相关基因的差异表达。数据可用于 GBM 分子分型与 MRI 分类对应关系的研究（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Comparative analyses identify molecular signature of MRI-classified SVZ-associated glioblastoma》发表于 Cell Cycle（2017），DOI：10.1080/15384101.2017.1295186。源站首次发布：2022-11-25。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：胶质母细胞瘤（GBM）是一种高度侵袭性的脑癌，治疗选择有限。尽管识别 GBM 致病基因的努力已揭示与不同 GBM 类型相关的突变和异常基因表达，但 GBM 患者通常依据 MRI 特征进行诊断和分类。因此，我们寻求在与脑室下区（SVZ）相关的 group I 和 group II 原发性 GBM 的 MRI 分类并行识别分子代表。由于 group I 和 II GBM 含有干细胞样特征，我们比较了这两组原发性 GBM 与内源性神经干祖细胞之间的基因表达谱，以揭示这两类 MRI 分类 GBM 中细胞周期、染色质状态、细胞形态发生和信号通路的失调。在缺乏 IDH 突变的情况下，若干与代谢相关的基因存在差异表达
【数据结构与技术规格】
文件数 4 个，合计 150.92 KB。数据集 DOI：10.6084/m9.figshare.4738609.v3。
【主题与分类】
源站学科分类：Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Neuroscience、Pharmacology、Biological Sciences not elsewhere classified。主题标签：Glioblastoma (GBM)、Glioma stem cells (GSC)、Histone lysine demethylase (KDM)、Neural Stem Progenitor Cells (NSPCs)、subventricular zone (SVZ)。本站分类：肿瘤/脑肿瘤。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Neuroscience、Pharmacology、Biological Sciences not elsewhere classified。
【获取与许可】
源站页面：https://tandf.figshare.com/articles/dataset/Comparative_Analyses_Identify_Molecular_Signature_of_MRI-Classified_SVZ-associated_Glioblastoma/4738609
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Comparative analyses identify molecular signature of MRI-classified SVZ-associated glioblastoma. Taylor & Francis. Lin, Chin-Hsing Annie; Rhodes, Christopher T.; Lin, ChenWei; Phillips, Joanna J.; Berger, Mitchel S
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-05-31，引用时请注意版本时效。
下载信息
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源站：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.4738609.v2
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 150.9 KB。
数据说明
胶质母细胞瘤（GBM）是一种高度侵袭性的脑癌，治疗选择有限。尽管识别导致GBM的基因的努力已揭示了与不同类型GBM相关的突变和异常基因表达，但GBM患者通常根据MRI特征进行诊断和分类。因此，我们旨在寻找与MRI分类中与室下区（SVZ）相关的I组和II组原发性GBM相对应的分子代表。由于I组和II组GBM含有干细胞样特征，我们比较了这两组原发性GBM与内源性神经干祖细胞的基因表达谱，以揭示这两种MRI分类的GBM中细胞周期、染色质状态、细胞形态发生和信号通路的失调。在缺乏IDH突变的情况下，与代谢相关的几个基因在这些原发性GBM亚型中差异表达，暗示肿瘤微环境中发生代谢重编程。此外，在I组和II组原发性GBM中，组蛋白赖氨酸甲基转移酶EZH2上调，而组蛋白赖氨酸去甲基化酶KDM2和KDM4下调。
最后，我们通过无监督聚类比较，在MRI分类的I/II级胶质母细胞瘤基因表达谱大数据集、TCGA中一大群胶质母细胞瘤亚型以及胶质瘤干细胞中，识别出9个共有基因。这些共同上调的基因在细胞周期、着丝粒组装、染色体分离及有丝分裂进程中具有已知功能。我们的发现强调了在所有胶质母细胞瘤中，对染色体完整性至关重要的基因表达发生改变，提示胶质母细胞瘤中染色体结构保真度受损的共通机制。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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