AML、胶质瘤、脑肿瘤、DIPG、横纹肌样瘤及软组织肉瘤的DNA与RNA测序样本数据集

该数据集来源于omicsdi.org,包含AML、胶质瘤、脑肿瘤(髓母细胞瘤和室管膜瘤)、DIPG、横纹肌样瘤及软组织肉瘤的DNA和RNA测序信息

omicsdi
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基因组分类Genomics
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基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-11

资源简介

AML、胶质瘤、脑肿瘤、DIPG、横纹肌样瘤及软组织肉瘤的DNA与RNA测序样本数据集

该数据集收录了与多种血液系统及神经系统肿瘤相关的DNA和RNA测序信息,覆盖急性髓系白血病(AML)、胶质瘤、脑肿瘤(包括髓母细胞瘤和室管膜瘤)、弥漫性内生性桥脑胶质瘤(DIPG)、横纹肌样瘤以及软组织肉瘤等疾病类型。数据集共包含39个样本,其中14个为配对的正常样本,25个为肿瘤样本。值得注意的是,并非所有样本都具备配对的正常样本,也并非所有样本都包含RNA测序数据。该数据集的主题标签为基因组学,来源于omicsdi.org,在本站被归类于肿瘤/脑肿瘤分类之下,可为肿瘤基因组学研究提供一定的基础数据支持。

【数据集背景】

该数据集聚焦于肿瘤基因组学领域,涵盖的疾病类型较为广泛,既包括血液系统恶性肿瘤如急性髓系白血病(AML),也包括中枢神经系统肿瘤如胶质瘤、髓母细胞瘤、室管膜瘤和弥漫性内生性桥脑胶质瘤(DIPG),同时还涉及横纹肌样瘤和软组织肉瘤。这些肿瘤类型在临床和基础研究中均具有较高的关注度,尤其是儿童脑肿瘤和软组织肿瘤,往往涉及复杂的分子机制。通过DNA和RNA测序信息的整合,该数据集旨在为上述肿瘤的分子特征研究提供数据基础。数据集来源于omicsdi.org,该平台致力于整合和共享多组学数据资源,主题标签为基因组学,表明其核心内容围绕基因组层面的测序信息展开。

【数据内容】

该数据集包含DNA和RNA测序信息,覆盖的样本总数为39个。其中,14个为配对的正常样本,25个为肿瘤样本。样本对应的疾病类型包括AML、胶质瘤、脑肿瘤(髓母细胞瘤和室膜瘤)、DIPG、横纹肌样瘤及软组织肉瘤。需要特别说明的是,并非所有肿瘤样本都配有对应的正常样本,也并非所有样本都具备RNA测序数据。这意味着在数据集中,不同样本所包含的测序数据类型和配对情况存在差异,使用者在使用时需根据具体样本的实际情况进行筛选和分析。数据内容以基因组学为核心,涉及DNA和RNA两个层面的测序信息,为研究肿瘤的基因突变、表达变化等提供了可能。

【采集与来源】

该数据集来源于omicsdi.org。源站描述指出,该数据集包含上述多种肿瘤类型的DNA和RNA测序信息,样本总数为39个,其中14个匹配正常样本,25个肿瘤样本。关于具体的采集时间、采集地点、测序平台、样本处理流程等详细信息,源站未提供。因此,无法进一步说明样本的采集背景、伦理审批信息或具体的实验操作步骤。使用者如需了解更详细的采集与来源信息,可参考源站的相关记录。

【适用场景】

基于该数据集包含的DNA和RNA测序信息,其适用场景可能包括:肿瘤基因组变异的识别与分析、肿瘤与正常样本之间的差异比较、特定肿瘤类型(如胶质瘤、髓母细胞瘤、DIPG等)的分子特征探索、RNA表达层面的研究等。由于数据集涵盖多种肿瘤类型,也可用于跨肿瘤类型的比较研究。然而,由于并非所有样本都有配对正常样本或RNA测序数据,在设计和执行分析时需充分考虑样本的可用性。具体适用场景需结合样本的实际数据情况加以判断,源站未提供明确的适用场景说明。

【使用方法】

关于该数据集的具体使用方法,源站未提供。通常,此类基因组学数据可能需要通过相应的生物信息学工具进行下载、处理和分析,但具体的数据格式、访问方式、是否需要申请权限等信息,源站未提供。使用者应参考源站omicsdi.org上的相关说明获取进一步的操作指引。

【质量与限制】

该数据集的主要限制在于样本配对和数据类型的不完整性。具体而言,39个样本中并非所有样本都有匹配的正常样本,也并非所有样本都包含RNA测序数据。这可能导致在分析过程中,部分样本无法进行肿瘤与正常组织的配对比较,或无法进行RNA层面的研究。此外,关于样本的质量控制指标、测序深度、覆盖度等信息,源站未提供。因此,无法对该数据集的数据质量进行进一步评估。使用者在使用时需注意这些限制,并根据研究目的合理选择样本。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式和许可信息,源站未提供。使用者如需引用或使用该数据集,应参考源站omicsdi.org上的相关说明,或联系数据提供方获取许可和引用要求。

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数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001008974

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含急性髓系白血病、胶质瘤、脑肿瘤(髓母细胞瘤和室管膜瘤)、弥漫性内生性脑桥胶质瘤、横纹肌样肿瘤及软组织肉瘤的DNA和RNA测序信息。总共有39个样本(14个匹配的正常样本,25个肿瘤样本)。并非所有样本都有匹配的正常样本,也并非所有样本都有RNA测序数据。

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