BRAINFUL脑肿瘤聚焦超声液体活检试验

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT04940507

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件：脑肿瘤、液体活检。目的：为提高血浆ctDNA水平，从而改善基于ctDNA的基因组和表观基因组生物标志物的识别，将在脑肿瘤患者中使用磁共振引导聚焦超声（MRgFUS），以促进肿瘤DNA释放进入血液循环和脑脊液。研究类型：单中心、前瞻性、单盲、单臂、对照临床试验。实验方法：目标1：评估MRgFUS在提高脑肿瘤ctDNA丰度方面的效用。无创性脑肿瘤诊断和治疗具有改变患者护理的潜力，但需要比当前方法更高的表观基因组和基因组生物标志物检测灵敏度。已有研究表明，MRgFUS可在动物模型中增强循环生物标志物的存在，并可安全地用于人类颅内。因此，本目标在现有文献基础上进一步拓展，利用MRgFUS提高脑肿瘤患者循环肿瘤DNA的丰度，作为向无创诊断和监测转变的第一步。

该目标的结果将为确定MRgFUS后血浆采样的最佳时间点提供依据，以获得最高数量的ctDNA用于分子分析。目标2：评估MRgFUS在增强脑肿瘤甲基化特征无创检测方面的效用。我们实验室已发表的研究表明，通过灵敏检测血浆甲基化改变，可准确地将胶质瘤与其他脑肿瘤区分开来（平均AUC 0.99）。遗憾的是，胶质瘤亚型的鉴定较为有限，用于区分胶质母细胞瘤的模型平均AUC为0.71（仅针对IDH）。鉴于胶质母细胞瘤具有独特的生物学特性，且通常较低级别胶质瘤的治疗方式不同，无创确定胶质瘤亚型的能力在临床上非常重要。利用MRgFUS提高无创血浆甲基化检测的灵敏度

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。