儿童低级别胶质瘤全转录组与靶向DNA测序样本

该数据集来源于omicsdi.org,收录儿童低级别胶质瘤样本的全转录组测序与靶向DNA测序(Ampliseq)数据,样本采集于Hospital for Sick Children

omicsdi
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基因组分类Genomics
96bc543f-8b8f-49ba-a539-979c4ae059fc - samples

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-02

资源简介

儿童低级别胶质瘤全转录组与靶向DNA测序样本

该数据集收录的是儿童低级别胶质瘤样本的基因组测序数据,英文名称为“96bc543f-8b8f-49ba-a539-979c4ae059fc - samples”,在站内归入肿瘤 / 脑肿瘤分类,数据来源于 omicsdi.org。根据源站描述,该数据集包含儿童低级别胶质瘤样本的全转录组测序与靶向DNA测序(Ampliseq)数据,样本采集于 Hospital for Sick Children。数据集的主题标签为 Genomics,整体围绕儿童低级别胶质瘤的基因组特征展开,为相关研究提供转录组与靶向DNA层面的测序资料。

【数据集背景】

该数据集聚焦儿童低级别胶质瘤这一肿瘤类型。儿童低级别胶质瘤是儿童中枢神经系统肿瘤中的重要类别,对其样本开展全转录组测序与靶向DNA测序,有助于从基因组层面刻画该类肿瘤的特征。数据集来源于 omicsdi.org,在站内被归入肿瘤 / 脑肿瘤分类,主题标签为 Genomics,说明其内容属于基因组学范畴,服务于脑肿瘤相关的研究方向。

【数据内容】

数据集包含两类测序内容:一是全转录组测序数据,二是靶向DNA测序(Ampliseq)数据。这两类数据均来自儿童低级别胶质瘤样本。全转录组测序用于反映样本的转录组整体情况,靶向DNA测序(Ampliseq)则针对特定DNA区域进行测序。数据集英文名称中带有“samples”字样,表明其以样本为单位组织数据。除上述内容外,源站未提供关于样本数量、具体基因 panel、测序平台型号、数据文件格式等更细的信息。

【采集与来源】

样本采集于 Hospital for Sick Children。数据集来源站为 omicsdi.org,站内分类为肿瘤 / 脑肿瘤。源站描述明确说明该数据集是对该医院儿童低级别胶质瘤样本进行全转录组测序与靶向DNA测序(Ampliseq)所得。关于样本采集的具体时间范围、采集流程、伦理审批信息以及数据汇交的具体途径,源站未提供。

【适用场景】

基于其内容构成,该数据集可用于儿童低级别胶质瘤的基因组学研究,例如转录组层面的表达特征分析、靶向DNA测序区域的变异考察,以及转录组与靶向DNA数据之间的联合观察。主题标签 Genomics 也表明其适用于基因组学相关的研究与分析场景。关于该数据集在具体研究中的已知应用案例或验证结论,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以样本为单位组织,包含全转录组测序与靶向DNA测序(Ampliseq)两类数据。使用者可依据样本标识对两类数据进行对应分析。关于数据下载方式、文件组织目录、预处理流程、分析工具推荐等具体使用说明,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的数据来自 Hospital for Sick Children 的儿童低级别胶质瘤样本,包含全转录组测序与靶向DNA测序(Ampliseq)。关于数据质量评估指标、样本纳入与排除标准、数据完整性、批次效应以及已知的技术限制,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款与数据访问限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001005987

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Whole transcriptome and targeted dna sequencing (Ampliseq) of pediatric low-grade glioma samples at the Hospital for Sick Children

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