10例高级别胶质瘤患者脑肿瘤样本单细胞多组学数据

资源简介

10例高级别胶质瘤患者脑肿瘤样本单细胞多组学数据

该数据集收录于 omicsdi.org，分类归属为肿瘤 / 脑肿瘤，主题标签为 Genomics。数据集英文名称为 79d3222f-7720-408b-bf5c-1be9bdaa32d6 - samples。其核心内容是对10例高级别胶质瘤患者脑肿瘤样本开展的单细胞多组学检测，采用10X Chromium技术，同时获取染色质可及性（ATAC）与基因表达两类信息。每个样本提供3组 fastq 数据，分别对应基因表达和 ATAC-seq 的测序读段以及 ATAC-seq 的索引读段。整体而言，该数据集面向脑肿瘤特别是高级别胶质瘤的单细胞层面研究，适合用于探索肿瘤细胞异质性、染色质状态与转录程序之间的关联。

【数据集背景】

该数据集来自 omicsdi.org，本站分类为肿瘤 / 脑肿瘤，主题标签为 Genomics。其研究对象为高级别胶质瘤患者脑肿瘤样本。高级别胶质瘤是脑肿瘤研究中的重要对象，在单细胞水平上同时观察基因表达与染色质可及性，有助于理解肿瘤内部不同细胞状态及其调控机制。源站描述指出，该数据集通过单细胞多组学 ATAC + 基因表达对10例高级别胶质瘤患者脑肿瘤样本进行刻画，所采用的技术为10X Chromium。

【数据内容】

数据集包含10例高级别胶质瘤患者脑肿瘤样本的单细胞多组学数据，检测内容同时覆盖 ATAC 与基因表达。就测序数据组织形式而言，每个样本提供3组 fastq：其中 R1 和 R2 用于基因表达，R1 和 R2 用于 ATAC-seq，另外 index1 和 index2 用于 ATAC-seq。也就是说，每个样本的 fastq 文件集合同时服务于基因表达与 ATAC-seq 两类读段需求，并包含 ATAC-seq 所需的索引读段。关于样本的具体临床信息、细胞数量、测序深度、文件大小等，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 omicsdi.org。样本类型为高级别胶质瘤患者脑肿瘤样本，共10例。数据生成采用10X Chromium技术，用于单细胞多组学 ATAC 与基因表达检测。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、患者人口学特征等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于在单细胞水平上研究高级别胶质瘤的染色质可及性与基因表达特征。由于同时包含 ATAC 和基因表达信息，可用于探索同一细胞群体中调控元件开放状态与转录输出之间的关系，也可用于分析脑肿瘤样本中的细胞异质性。主题标签为 Genomics，表明其属于基因组学范畴。关于具体的下游分析流程、推荐工具或已发表研究成果，源站未提供。

【使用方法】

使用该数据集时，可依据每个样本提供的 fastq 文件进行后续处理：基因表达读段对应 R1 和 R2，ATAC-seq 读段对应 R1 和 R2，ATAC-seq 索引读段对应 index1 和 index2。由于采用10X Chromium单细胞多组学 ATAC + 基因表达技术，处理流程通常需要分别针对基因表达和 ATAC 两类读段进行比对、定量与细胞识别，并结合索引信息完成样本拆分。关于具体的软件版本、参考基因组、参数设置及分析步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集包含10例高级别胶质瘤患者脑肿瘤样本，采用10X Chromium技术生成单细胞多组学 ATAC 与基因表达数据，每个样本提供3组 fastq。关于数据质量指标、测序深度、细胞存活率、双细胞率、批次效应、覆盖度及任何质控结论，源站未提供。因此，在使用前应自行评估数据质量，并注意样本量有限这一客观情况。关于数据的局限性说明，源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、文献出处、许可协议及使用限制，源站未提供。