儿童肿瘤PDX模型样本数据集
该数据集来自儿童癌症队列，包含来自65个不同个体的70个PDX模型，覆盖16种儿童实体瘤亚型，包括Wilms瘤、肝母细胞瘤、骨肉瘤、生殖细胞瘤、神经母细胞瘤、髓母细胞瘤等
基本信息
资源简介
儿童肿瘤PDX模型样本数据集
该数据集来自儿童癌症队列，包含来自65个不同个体的70个PDX模型，覆盖16种儿童实体瘤亚型，包括Wilms瘤、肝母细胞瘤、骨肉瘤、生殖细胞瘤、神经母细胞瘤、髓母细胞瘤等。部分患者有多个PDX模型，涉及重复样本、不同转移灶、同一肿瘤不同块及不同原发肿瘤。数据可用于儿童肿瘤的基因组学研究和模型构建（来源 omicsdi.org）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：本研究中的儿童癌症队列包括来自65个不同个体的70个PDX模型。该队列共包含16种不同的儿童实体瘤亚型，包括14个Wilms瘤、13个肝母细胞瘤、13个骨肉瘤、10个生殖细胞瘤、4个神经母细胞瘤、3个透明细胞肉瘤、2个肾上腺皮质癌、2个Leydig细胞瘤、2个髓母细胞瘤、1个胚胎性横纹肌肉瘤（ERMS）、1个Ewing肉瘤、1个多形性肉瘤、1个腺癌、1个胶质母细胞瘤、1个间皮瘤和1个卵巢肿瘤。值得注意的是，我们有五个样本来自同一患者有多个PDX模型，包括两个重复病例（564和564-Dup，1796和1796-Dup），一个病例有两个不同转移灶（560-SM，560-LM），一个病例有来自同一肿瘤的两个块（1939和1939-Dup），以及一个病例有来自同一患者的不同原发肿瘤（2264 a
【主题与分类】
主题标签：Genomics。本站分类：肿瘤/脑肿瘤。
【获取与许可】
源站页面：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001009863
下载信息
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源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001009863
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究中的儿童癌症队列包括来自65个不同个体的70个PDX模型。该队列共涵盖16种不同的儿童实体瘤亚型，包括14例Wilms瘤、13例肝母细胞瘤、13例骨肉瘤、10例生殖细胞肿瘤、4例神经母细胞瘤、3例透明细胞肉瘤、2例肾上腺皮质癌、2例Leydig细胞瘤、2例髓母细胞瘤、1例胚胎性横纹肌肉瘤（ERMS）、1例Ewing肉瘤、1例多形性肉瘤、1例腺癌、1例胶质母细胞瘤、1例间皮瘤和1例卵巢肿瘤。值得注意的是，我们有5个样本来自同一患者并具有多个PDX模型，包括2例具有重复样本（564和564-Dup，1796和1796-Dup）、1例具有两个不同转移灶（560-SM，560-LM）、1例具有来自同一肿瘤的两个组织块（1939和1939-Dup），以及1例具有来自同一患者的不同原发肿瘤（2264和1932）。我们共有353份测序数据，包括82份RNA测序数据（RNA-seq）、138份全外显子组测序（WES）和135份低深度全基因组测序（WGS）。
对于RNA-seq数据，我们拥有61个PDX和21个PT；对于WES，我们拥有67个PDX、30个PT和40个匹配的正常生殖系；对于WGS，我们拥有64个PDX、30个PT和40个匹配的正常生殖系。其中，包括19对PT-PDX配对的RNA-seq，28对PT-PDX配对的WES和WGS。
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