复制修复缺陷脑肿瘤转录组测序数据集

该数据集来自 omicsdi.org,属于肿瘤 / 脑肿瘤分类,包含 21 例复制修复缺陷脑肿瘤样本及健康对照的转录组测序数据

omicsdi
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基因组分类Genomics
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基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-11

资源简介

复制修复缺陷脑肿瘤转录组测序数据集

该数据集收录于 omicsdi.org,分类归属为肿瘤 / 脑肿瘤,主题标签为 Genomics。其核心内容是一批转录组测序数据,样本来自 21 例复制修复缺陷(replication repair deficient)脑肿瘤患者,同时包含健康对照样本。源站描述指出,超突变肿瘤携带大量体细胞突变,可能干扰对可靶向基因组事件的解读,因此该数据集围绕这一背景提供了相应的转录组测序信息。整体而言,该数据集面向脑肿瘤中复制修复缺陷相关超突变现象的研究需求,为探索此类肿瘤的转录组特征及与健康状态的差异提供了样本层面的数据基础,属于肿瘤基因组学与脑肿瘤研究交叉方向的数据资源。

【数据集背景】

源站描述提到,超突变肿瘤(hypermutant tumors)会携带许多体细胞突变,这些突变可能掩盖对可靶向基因组事件(targetable genomic events)的解读。这一背景构成了该数据集产生的主要动因:当肿瘤突变负荷极高时,常规的基因组事件识别与解读会变得更加困难,因此需要借助转录组层面的测序数据来补充观察。该数据集正是针对复制修复缺陷脑肿瘤这一类可能呈现超突变特征的肿瘤而构建,并纳入健康对照,以便在比较中理解肿瘤样本的转录组表现。数据集的主题标签为 Genomics,本站分类为肿瘤 / 脑肿瘤,说明其应用领域集中在肿瘤基因组学,尤其是脑肿瘤方向。

【数据内容】

该数据集包含转录组测序数据,样本构成包括 21 例复制修复缺陷脑肿瘤样本以及健康对照。源站描述明确说明“This dataset contains transcriptome sequencing from 21 replication repair deficient brain tumor samples as well as healthy controls.”,即数据内容以转录组测序为主,覆盖肿瘤组与对照组两类样本。除上述样本数量与类型外,源站未提供更细的测序平台、读长、覆盖度、基因表达定量结果或样本临床注释等信息。

【采集与来源】

该数据集来源站为 omicsdi.org。源站描述仅说明数据为转录组测序,来自 21 例复制修复缺陷脑肿瘤样本及健康对照,未提供样本采集地点、采集时间、机构信息、伦理审批信息或具体测序流程。除来源站与分类、标签外,其余采集相关信息源站未提供。

【适用场景】

基于其内容,该数据集可用于脑肿瘤中复制修复缺陷相关样本的转录组研究,也可用于将肿瘤样本与健康对照进行比较分析。由于源站描述强调超突变肿瘤可能干扰可靶向基因组事件的解读,该数据集亦适合作为探讨此类干扰现象、考察转录组层面特征的素材。其主题标签 Genomics 与分类肿瘤 / 脑肿瘤进一步表明,适用方向集中在肿瘤基因组学与脑肿瘤研究。除此之外的具体应用场景,源站未提供。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方法,包括数据下载方式、文件格式、分析流程、推荐工具或预处理步骤等均未说明。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、批次效应、样本纳入排除标准、测序质量指标或数据完整性等方面的信息。已知的限制性信息仅来自源站描述本身:超突变肿瘤携带大量体细胞突变,可能使可靶向基因组事件的解读变得困难。其余质量与限制相关内容源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式、许可协议或使用条款等信息。

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数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001006921

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

超突变肿瘤携带许多体细胞突变,可能掩盖可靶向基因组事件的解读。该数据集包含来自21个复制修复缺陷脑肿瘤样本以及健康对照的转录组测序数据。

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