微小冷冻标本的多模态单细胞与全基因组测序数据集

该数据集为NCBI GEO上的SuperSeries,标题为微小冷冻标本的多模态单细胞与全基因组测序以推动临床应用,本站归类为肿瘤/骨转移

geo
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基因组分类GPL203019606
GSE192402: Multi-modal single-cell and whole-genome sequencing of minute, frozen specimens to propel clinical applications

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-23

资源简介

微小冷冻标本的多模态单细胞与全基因组测序数据集

GSE192402 是 NCBI GEO 上的一个 SuperSeries,英文标题为“Multi-modal single-cell and whole-genome sequencing of minute, frozen specimens to propel clinical applications”,中文可译为“对微小冷冻标本开展多模态单细胞与全基因组测序以推动临床应用”。该数据集在本站被归类为肿瘤 / 骨转移方向,由 Johannes C. Melms 提交,发布时间为 Oct 19 202(源站所载年份信息不完整)。其源站描述说明该 SuperSeries 由若干 SubSeries 组成,但未在给定信息中展开各 SubSeries 的具体构成。数据集当前可获取的文件数量为 1,文件样例为 GSE192402_series_matrix.txt.gz,主题标签涉及高通量测序表达谱分析、平台 GPL20301 与物种编号 9606。整体而言,该数据集面向临床场景下微小冷冻标本的多模态测序研究,适合作为肿瘤及骨转移相关表达谱分析的数据入口。

【数据集背景】

该数据集源自 NCBI GEO(ncbi.nlm.nih.gov),标题强调“微小冷冻标本”与“多模态单细胞及全基因组测序”在临床转化中的应用潜力。从标题与本站分类可以看出,其研究背景与临床样本处理、单细胞层面的表达谱刻画以及全基因组层面的信息获取相关,并落在肿瘤 / 骨转移这一应用方向上。源站将其组织为 SuperSeries,意味着它是对下属若干 SubSeries 的汇总入口,而非单一实验的原始数据集合。作者信息为 Johannes C. Melms,发布时间记录为 Oct 19 202。

【数据内容】

数据集当前列出的文件数量为 1,文件样例为 GSE192402_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。主题标签包括“Expression profiling by high throughput sequencing”、平台编号 GPL20301 以及物种编号 9606,表明数据涉及高通量测序驱动的表达谱分析,并关联特定测序平台与人类物种。源站描述仅说明该 SuperSeries 由下列 SubSeries 组成,未提供各 SubSeries 的编号、样本数量、测序深度、基因或位点覆盖范围等细节,这些内容源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 GEO 公共数据库体系。标题指向“微小冷冻标本”的多模态测序,说明样本类型与冷冻保存的微量临床材料相关;但具体的样本采集流程、伦理审批信息、标本来源机构、冷冻与处理条件等,源站未提供。作者为 Johannes C. Melms,发布时间为 Oct 19 202。平台信息以 GPL20301 的编号形式出现,平台的具体名称与参数源站未提供。

【适用场景】

结合标题与主题标签,该数据集可用于高通量测序表达谱相关的分析场景,并可作为肿瘤 / 骨转移方向研究的公共数据入口。由于其为 SuperSeries,适合用于定位和汇总下属子系列,进而开展多模态单细胞与全基因组测序结果的整合性探索。需要说明的是,具体的分析用途、可复现的研究结论以及临床转化验证情况,源站未提供,使用者应结合自身研究目的审慎判断适用性。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE192402_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因字段含义或编码差异导致解析错误。由于该数据集为 SuperSeries,若需获取更细粒度的实验数据,应进一步查阅其下属 SubSeries,但各 SubSeries 的具体信息源站未提供。

【质量与限制】

当前可确认的信息有限:文件数量为 1,仅给出一个系列矩阵文件样例,缺少样本量、测序质量指标、批次信息与质控结果等关键细节,源站未提供。发布时间记录为 Oct 19 202,年份不完整,可能影响时间维度的判断。此外,SuperSeries 的汇总性质意味着单一矩阵文件未必覆盖全部子系列内容,使用前需核实数据完整性。

【引用与许可】

作者信息为 Johannes C. Melms,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的具体引用格式、许可条款与使用限制,源站未提供,使用与再分发前应向源站确认相关规定。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE192402

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.

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