人基底细胞癌单细胞空间转录组学数据集（6k-plex CosMx SMI）
该数据集是一个包含6075个基因表达谱和232,802个细胞空间位置信息的单细胞空间转录组学数据集，数据模态包括基因表达矩阵、细胞形态图像特征和临床元数据，主要应用于研究基底细胞癌的肿瘤微环境空间结构、细胞异质性分布、创伤反应机制以及细胞间相互作用网络等癌症生物学和空间组学方向。
基本信息
资源简介
人基底细胞癌单细胞空间转录组学数据集（6k-plex CosMx SMI）
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Single-cell spatial transcriptomics (6k-plex CosMx SMI) dataset of human basal-cell carcinoma》。源站首次发布：2024-12-09。
【数据内容】
源站原始描述：Single-cell spatial transcriptomics dataset of basal-cell carcinoma (BCC), collected using in situ analysis platform 6k-plex CosMx SMI (Bruker Nanostring). The dataset is provided as a Seurat object in .rds format, and consists of in situ transcripts for 6075 genes in 232,802 cells + metadata (see Metadata section below). Experimental conditions: The dataset is derived from tumor sections of four patients. For 2 patients (A and B), nodular-ulcerated BCC samples (as determined by histopathologica…
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 1.94 GB。数据集 DOI：10.5281/zenodo.14330691。
【主题与分类】
主题标签：CosMx SMI、spatial transcriptomics、basal cell carcinoma、BCC、wound response。
【获取与许可】
源站页面：https://zenodo.org/records/14330691
使用许可：cc-by-4.0。
【使用注意】
· 源站最后修改于 2025-02-24，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取（Zenodo 公开直链）
源站：https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.14330690
（注册/登录后按页面指引下载）
数据说明
该数据集是基于6k-plex CosMx SMI（Bruker Nanostring）原位分析平台采集的人基底细胞癌（BCC）单细胞空间转录组学数据集。数据集以Seurat对象的.rds格式提供，包含6075个基因在232,802个细胞中的原位表达谱及丰富的元数据。数据来源于4名患者的肿瘤组织切片，涵盖不同临床条件（如基线活检、创伤后、远处未创伤区域），并包含详细的细胞类型注释、空间位置信息、形态学特征、实验条件标注及细胞间相互作用分析。该数据集主要用于研究基底细胞癌的肿瘤微环境、细胞异质性、空间组织结构以及创伤反应等生物学问题，为癌症空间生物学和精准医疗研究提供重要资源。
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