高阶染色质结构对体细胞超突变的调控

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE271541

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

体细胞超突变（SHM）产生保护性抗体对抗体成熟和适应性免疫至关重要。SHM涉及免疫球蛋白可变（V）区的共转录诱变，该过程由位于数百千碱基之外的增强子调控。三维染色质结构如何影响SHM尚知之甚少。在此，我们使用Tri-C技术测量了人类免疫球蛋白重链基因座（IGH）单等位基因上的高阶相互作用。我们发现，SHM由一个多向枢纽支撑，其中V区与所有增强子均邻近。黏连蛋白介导的环挤出对于IGH转录和枢纽架构并非必需。IGH开关区的转录和诱变——这是抗体类别转换重组所必需的——会产生新的染色质环，这些环可在无黏连蛋白的情况下形成。然而，这些额外的环并不损害枢纽完整性、V区转录或SHM。因此，抗体成熟发生在一个多向枢纽内，该枢纽容纳多个基因-增强子环，不同片段的转录和诱变可在其中非竞争性地发生。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。