SFKs过表达足以改变未刺激BJAB细胞的基因表达格局
该数据集来自NCBI GEO，包含对未处理BJAB细胞以及诱导Lck或Lyn异位表达后的BJAB细胞进行全转录组测序的数据
基本信息
资源简介
SFKs过表达足以改变未刺激BJAB细胞的基因表达格局
GSE212759 数据集来自 NCBI GEO，主题为“SFKs overexpression suffices to change the gene expression landscape in unstimulated BJAB cells”，即 SFK 的过表达足以改变未刺激 BJAB 细胞的基因表达格局。该数据集属于肿瘤 / B 细胞淋巴瘤方向，包含对未处理 BJAB 细胞以及诱导 Lck 或 Lyn 异位表达后的 BJAB 细胞进行全转录组测序的数据，可用于观察 Src 家族激酶成员过表达对 B 细胞淋巴瘤细胞转录组的影响。数据集共提供 1 个文件，样例文件名为 GSE212759_series_matrix.txt.gz，作者为 Athanasios N Shaukat，发布时间为 Sep 06 202，主题标签涉及高通量测序表达谱分析、GPL23934 平台和物种编号 9606。
【数据集背景】
该数据集围绕 B 细胞淋巴瘤相关细胞模型中的基因表达调控问题展开。源站标题明确指出，SFK（Src 家族激酶）的过表达足以改变未刺激 BJAB 细胞的基因表达格局。BJAB 细胞是研究中常用的 B 细胞淋巴瘤细胞系，本数据集通过比较未处理状态与诱导 Lck 或 Lyn 异位表达后的状态，考察这两种 SFK 成员对全转录组表达谱的影响。数据集被本站归类为肿瘤 / B 细胞淋巴瘤，说明其应用背景与 B 细胞淋巴瘤的分子机制研究相关。关于更具体的实验假设、研究动机和生物学结论，源站未提供。
【数据内容】
数据内容为全转录组测序产生的表达谱数据，覆盖三类样本状态：未处理的 BJAB 细胞、诱导 Lck 异位表达的 BJAB 细胞以及诱导 Lyn 异位表达的 BJAB 细胞。源站描述将其概括为对未处理 BJAB 细胞及诱导 Lck 或 Lyn 异位表达后 BJAB 细胞的全转录组测序。数据集文件数量为 1，样例文件为 GSE212759_series_matrix.txt.gz，属于系列矩阵文件形式。主题标签中包含“Expression profiling by high throughput sequencing”，表明数据由高通量测序方法产生；标签中的 GPL23934 指向所使用的芯片或测序平台编号，9606 对应人类物种编号。除上述信息外，样本数量、测序深度、具体基因数量等细节源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI GEO，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。数据由作者 Athanasios N Shaukat 提交，发布时间为 Sep 06 202。数据集英文名称为“GSE212759: SFKs overexpression suffices to change the gene expression landscape in unstimulated BJAB cells”，源站标题与之一致。数据采集所涉及的生物材料为 BJAB 细胞，实验条件包括未处理以及诱导 Lck 或 Lyn 异位表达。关于细胞培养条件、诱导方式、测序建库流程和测序仪器型号等实验细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究 SFK 成员 Lck 和 Lyn 过表达对 B 细胞淋巴瘤细胞转录组格局的影响，可用于差异表达分析、表达谱比较以及相关信号通路层面的探索性分析。由于数据涵盖未处理与两种诱导状态，适合开展组间比较研究，也适合作为 B 细胞淋巴瘤转录调控研究的公共数据资源。数据集的主题标签涉及高通量测序表达谱分析，因此可用于方法学上的表达谱数据整合与验证。关于该数据集是否适合特定临床或转化研究，源站未提供相关说明。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE212759_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包格式，读取前需按 GZIP 格式解压或直接以相应方式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入分析流程。由于数据集仅提供 1 个系列矩阵文件，使用时应以该文件为主要数据入口，结合主题标签中的平台编号 GPL23934 了解数据所对应的检测平台。关于矩阵文件中具体包含的样本列、探针或基因注释信息，源站未提供，需在读取后自行核对。
【质量与限制】
该数据集文件数量为 1，数据规模相对有限，使用前应核对文件完整性与字段编码。源站描述仅概括了样本状态和测序类型，未提供样本重复数、测序质量指标、数据预处理方法及标准化流程等信息，因此无法据此评估数据的技术质量。数据集发布时间标注为 Sep 06 202，年份信息不完整。关于数据是否存在批次效应、是否经过过滤或归一化处理，源站未提供。使用者在开展比较分析时，应结合文件内实际字段判断数据可用性。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Athanasios N Shaukat，来源站为 NCBI GEO。使用或引用时应注明数据集编号 GSE212759 及源站信息。关于该数据集的具体许可条款、使用限制和正式引用格式，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE212759
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Whole transcriptome sequencing of untreated BJAB cells, and BJAB cells after inducing the ectopic expression of Lck or Lyn
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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