活化诱导胞苷脱氨酶的表观遗传靶向

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-61523

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

AID如何被招募到这些脱靶位点的确切机制尚不完全清楚。为了进一步了解AID如何选择其靶点，我们比较了两种不同细胞类型——B细胞和小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）中AID介导的易位。AID在两种细胞类型中靶向一组不同的热点。在两种情况下，热点都集中在高度转录但停滞的基因中。然而，仅靠转录不足以招募AID活性。比较在B细胞和MEFs中转录相似但仅在两种细胞类型之一中被靶向的基因，揭示了与两种细胞类型中AID招募相关的共同表观遗传特征。在成纤维细胞和B细胞中，AID靶基因均富集与活跃增强子相关的染色质修饰（如H3K27Ac）和活跃转录标记（如H3K36me3），表明这些特征是AID招募的普遍介质。对活化B淋巴细胞和小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）中总mRNA和PolII负载的分析

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。