IDH突变型星形细胞瘤治疗背景下进展至4级的基因组分析 [ssRNA-seq]
该数据集来自 omicsdi.org,主题为 IDH 突变型星形细胞瘤在治疗背景下进展至 4 级的基因组分析,采用 ssRNA-seq 技术
![Genomic analysis of IDH-mutant astrocytoma progression to grade 4 in the treatment setting reveals changes in cell cycle, growth factor, and DNA repair pathways [ssRNA-seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/157665.jpg)
基本信息
资源简介
IDH突变型星形细胞瘤治疗背景下进展至4级的基因组分析 [ssRNA-seq]
该数据集围绕IDH突变型星形细胞瘤在治疗背景下进展至4级的基因组分析展开,采用ssRNA-seq技术,主题标签为基因组学,来源站为omicsdi.org。其英文名称直接点明了研究关注的核心问题:在治疗情境中,IDH突变型星形细胞瘤向4级进展过程中,细胞周期、生长因子及DNA修复通路所发生的变化。数据集以单细胞RNA测序为技术手段,属于肿瘤/星形细胞瘤分类下的基因组学资源,可为研究者观察肿瘤进展相关的转录组特征提供数据基础。以下从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面进行介绍。
【数据集背景】
IDH突变型星形细胞瘤是中枢神经系统肿瘤中的重要类型,其进展至更高级别往往与治疗压力下的克隆演化相关。该数据集所对应的研究主题聚焦于治疗背景下IDH突变型星形细胞瘤进展至4级的过程,并从细胞周期、生长因子和DNA修复通路等角度考察基因组层面的变化。这一主题对于理解肿瘤在治疗过程中如何获得更具侵袭性的表型具有参考意义。数据集采用ssRNA-seq技术,说明其关注的是单细胞或单链水平的RNA测序信息,而非全基因组DNA测序,因此其“基因组分析”的落脚点在于通过转录组层面反映通路活性与细胞状态的变化。
【数据内容】
该数据集的主题标签为基因组学,分类归属为肿瘤/星形细胞瘤,技术类型为ssRNA-seq。其内容围绕IDH突变型星形细胞瘤进展至4级过程中的细胞周期、生长因子及DNA修复通路变化展开。关于样本数量、测序深度、文件格式、数据体积、具体基因列表或通路成员等细节,源站未提供。数据集名称中标注的[ssRNA-seq]表明其数据模态为单链RNA测序,但源站未提供进一步的建库策略、读长、平台型号等信息。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。源站描述与数据集英文名称一致,均指向同一项关于IDH突变型星形细胞瘤治疗背景下进展至4级的基因组分析研究。关于样本采集地点、患者队列来源、伦理审批信息、测序服务机构或具体实验流程,源站未提供。
【适用场景】
基于现有信息,该数据集可适用于与IDH突变型星形细胞瘤进展相关的转录组分析场景,例如考察肿瘤进展至4级过程中细胞周期相关基因表达变化、生长因子信号通路活性改变以及DNA修复通路的重塑。由于采用ssRNA-seq技术,其也可能适用于需要在单细胞或单链分辨率下观察肿瘤细胞异质性的研究。关于该数据集是否适用于临床诊断、预后模型构建或药物靶点筛选等具体应用,源站未提供明确说明,使用者应结合自身研究目的审慎判断。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用说明,包括数据下载方式、访问权限、预处理流程、分析工具推荐或配套代码等。使用者需依据omicsdi.org源站页面的实际指引获取与使用数据。
【质量与限制】
源站未提供该数据集的质量评估信息,如测序质量分数、比对率、细胞存活率、批次效应评估或数据完整性说明。其限制方面,基于现有信息可知该数据集为ssRNA-seq转录组数据,并不直接提供基因组DNA层面的突变或拷贝数信息;关于样本量是否足以支撑统计推断、是否包含治疗前后配对样本等关键设计信息,源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、文献出处、DOI、许可协议或使用条款。使用者在引用或再利用该数据前,应前往omicsdi.org源站页面核实相关引用与许可要求。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
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免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/project/PRJNA974815
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
IDH突变型星形细胞瘤在治疗过程中进展为4级的基因组分析揭示了细胞周期、生长因子和DNA修复通路的变化[ssRNA-seq]
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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