L3MBTL2蛋白与PcG蛋白介导的H2A单泛素化协同建立抑制性染色质结构 [ChIP-chip数据]

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-28161

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人类MBT结构域包含蛋白L3MBTL2被发现是一个蛋白质复合体的重要组成部分，鉴于PcG蛋白RING1、RING2和PCGF6的存在，我们将该复合体命名为多梳抑制复合体1类似物3（PRC1L3）。L3MBTL2以不依赖组蛋白修饰的方式结合染色质，并且是PRC1L3发挥抑制功能所必需的。PRC1L3还包含E2F6和CBX3，这两个因子在转录抑制中具有明确的功能。全基因组分析鉴定出数百个同时被L3MBTL2和E2F6结合的基因，这些结合优先发生在转录起始位点附近。重要的是，这些基因在很大程度上不同于其他E2F或L3MBTL（另一种与RB1相互作用的MBT结构域包含蛋白）所靶向的基因。H3K27或H3K9甲基化，这两种与基因沉默相关的染色质修饰，并非存在于所有L3MBTL2靶基因上。L3MBTL2特异性RNAi导致靶基因表达模式改变，并影响造血细胞的分化程序。

我们的数据表明，通过染色质调节实现的转录抑制，反映了PRC1的功能，可以由多种因素实现，并不一定需要组蛋白赖氨酸甲基化标记的存在。总共12个ChIP-seq数据集；一个E2F6数据集和一个Input数据集来自MCF7细胞，使用Nimblegen ENCODE芯片完成；一个L3MBTL1数据集和一个Input数据集来自MCF7细胞，使用Nimblegen ENCODE芯片完成；一个L3MBTL2数据集和一个Input数据集来自MCF7细胞，使用Nimblegen ENCODE芯片完成；一个E2F6数据集和一个Input数据集来自MCF7细胞，使用Nimblegen 1.5kb启动子芯片完成；一个L3MBTL1数据集和一个Input数据集来自MCF7细胞，使用Nimblegen 1.5kb启动子芯片完成；一个L3MBTL2数据集和一个Input数据集来自MCF7细胞，使用Nimblegen 1.5kb启动子芯片完成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。