PRJEB5782 (E-MTAB-2360) 再分析数据集
数据包含多组输入对照的 accession 编号，ChIP-seq 峰调用结果以基因组坐标形式存于 GEO（GSE325130）
基本信息
资源简介
PRJEB5782 (E-MTAB-2360) 再分析数据集
该数据集名为 Reanalysis of PRJEB5782 (E-MTAB-2360)，属于肿瘤领域中急性髓系白血病方向的数据资源，来源于 search.dataone.org。它是对公开可获取的 ChIP-seq 数据所做的一次独立计算重分析，研究对象为 HL-60/S4 细胞中的 epichromatin。原始测序读段由 Olins 等人于 2014 年产生并发表（PMID: 24824428），可从 BioProject PRJEB5782 与 ArrayExpress Experiments Archive（E-MTAB-2360）获取。重分析产出的 ChIP-seq 峰调用结果以基因组坐标形式存放于 Gene Expression Omnibus（GEO），登录号为 GSE325130。数据主题标签为 Medicine, Health and Life Sciences，适合关注急性髓系白血病表观遗传特征的研究者参考使用。
【数据集背景】
该数据集的核心定位是对已有公开 ChIP-seq 数据的独立计算重分析，而非全新产生的原始测序数据。原始实验针对 HL-60/S4 细胞中的 epichromatin 进行 ChIP-seq 检测，相关读段最初由 Olins 等人于 2014 年生成并公开发表，文献标识为 PMID: 24824428。原始数据存放于 BioProject PRJEB5782 与 ArrayExpress Experiments Archive（E-MTAB-2360）两处公共资源。本次重分析在原始读段基础上重新完成峰调用，并将结果提交至 GEO（GSE325130）。数据集在分类上归入肿瘤 / 急性髓系白血病，主题标签为 Medicine, Health and Life Sciences。
【数据内容】
数据内容主要包括两部分：一是重分析过程中使用的输入对照关系，即以一组 ERR 编号的读段作为另一组 ERR 编号读段的输入对照，具体对应关系为 ERR453856 对应 ERR453847、ERR453850 对应 ERR453858、ERR453846 对应 ERR453851、ERR453854 对应 ERR453857、ERR453852 对应 ERR453859、ERR453845 对应 ERR453853、ERR453848 对应 ERR453844、ERR453849 对应 ERR453855；二是 ChIP-seq 峰调用结果，以基因组坐标形式提供，存放于 GEO，登录号为 GSE325130。数据集的短描述同样指向这两项内容，即多组输入对照的 accession 编号以及存于 GEO 的峰调用基因组坐标。
【采集与来源】
数据来源站为 search.dataone.org。原始测序读段来自 BioProject PRJEB5782 与 ArrayExpress Experiments Archive（E-MTAB-2360），由 Olins 等人于 2014 年产生并发表（PMID: 24824428）。重分析所产出的峰调用结果提交至 Gene Expression Omnibus，登录号为 GSE325130。原始实验的细胞体系为 HL-60/S4 细胞，检测对象为 epichromatin。除上述来源信息外，源站未提供更多关于采集流程的细节。
【适用场景】
该数据集可用于急性髓系白血病相关表观遗传研究中的参考与比较，尤其是围绕 HL-60/S4 细胞中 epichromatin 的 ChIP-seq 峰分布开展的分析。由于峰调用结果以基因组坐标形式提供，使用者可将其用于基因组区域的定位、注释与可视化，也可作为独立重分析流程的对照或验证材料。数据主题标签为 Medicine, Health and Life Sciences，适用于医学与生命科学领域的数据复用场景。其他具体应用方向源站未提供。
【使用方法】
使用时可依据输入对照对应关系，将各 ERR 编号的对照读段与相应实验读段配对，以复现或核验重分析流程。峰调用结果需从 GEO（GSE325130）获取，格式为基因组坐标，可结合相应参考基因组进行区间分析。原始读段可从 BioProject PRJEB5782 与 ArrayExpress（E-MTAB-2360）获取。关于具体的分析参数、软件版本与处理步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为独立计算重分析产物，其峰调用结果基于原始公开读段重新计算得到，原始读段本身来自已发表工作（PMID: 24824428）。数据仅涉及 HL-60/S4 细胞中的 epichromatin 这一检测对象，覆盖范围有限。关于重分析所用流程的质量评估指标、批次效应、重复性等信息，源站未提供。使用者应注意区分原始实验数据与重分析结果的不同来源与登录号。
【引用与许可】
原始数据应引用 Olins 等人 2014 年的工作（PMID: 24824428），原始读段对应 BioProject PRJEB5782 与 ArrayExpress（E-MTAB-2360），重分析峰调用结果对应 GEO 登录号 GSE325130。关于该数据集的许可条款与具体引用格式，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集是对HL-60/S4细胞中表染色质公开ChIP-seq数据的独立计算再分析。原始测序reads最初由Olins等人于2014年生成并发表（PMID: 24824428），可从BioProject PRJEB5782和ArrayExpress实验档案（E-MTAB-2360）获取。以下登录号用作输入对照：ERR453856对应ERR453847，ERR453850对应ERR453858，ERR453846对应ERR453851，ERR453854对应ERR453857，ERR453852对应ERR453859，ERR453845对应ERR453853，ERR453848对应ERR453844，ERR453849对应ERR453855。ChIP-seq峰调用（基因组坐标）可在基因表达综合数据库（GEO）中以登录号GSE325130获取。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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