GSE67096:CTCF旁系同源物CTCFL破坏活跃启动子处的cohesin

该数据集为NCBI GEO上的SuperSeries GSE67096,主题为CTCF旁系同源物CTCFL破坏活跃启动子处的cohesin,属于肿瘤/急性髓系白血病方向

geo
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基因组分类Expression profiling by arrayGPL62449606
GSE67096: The CTCF paralog CTCFL disrupts cohesin at active promoters.

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-19

资源简介

GSE67096:CTCF旁系同源物CTCFL破坏活跃启动子处的cohesin

GSE67096 是 NCBI GEO 上的一个 SuperSeries 数据集,英文标题为“The CTCF paralog CTCFL disrupts cohesin at active promoters”,中文可译为“CTCF 旁系同源物 CTCFL 破坏活跃启动子处的 cohesin”。该数据集归属于肿瘤 / 急性髓系白血病方向,围绕 CTCFL 与 cohesin 在活跃启动子区域的相互作用展开表达谱层面的研究。数据集由 Gopuraja Dharmalingam 提交,发布时间为 2015 年 3 月 20 日,主题标签涉及 Expression profiling by array、GPL6244 平台以及物种编号 9606(人类)。数据集共包含 1 个文件,样例文件为 GSE67096_series_matrix.txt.gz,适合作为基因表达谱分析及相关调控机制研究的参考数据。

【数据集背景】

CTCF 是重要的染色质结构调控因子,其旁系同源物 CTCFL 在特定生物学情境下表达,并可能干扰 CTCF 的正常功能。该数据集以“CTCF 旁系同源物 CTCFL 破坏活跃启动子处的 cohesin”为主题,聚焦于 CTCFL 对活跃启动子区域 cohesin 结合的影响,属于肿瘤 / 急性髓系白血病研究方向。源站描述指出,该 SuperSeries 由若干 SubSeries 组成,说明其整体设计是将多个子系列的数据组织在一个统一入口之下,便于围绕同一研究主题进行整合查看与使用。

【数据内容】

该数据集在 NCBI GEO 上的记录为 SuperSeries GSE67096,主题标签包括 Expression profiling by array、GPL6244 和 9606,表明数据基于芯片表达谱技术,平台编号为 GPL6244,物种为人类。数据集共包含 1 个文件,样例文件名为 GSE67096_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。该文件通常以矩阵形式组织样本与基因层面的表达信息,具体字段构成、样本数量、分组设计以及包含哪些 SubSeries 等内容,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI GEO(ncbi.nlm.nih.gov),由 Gopuraja Dharmalingam 提交,发布时间为 2015 年 3 月 20 日。数据通过芯片表达谱(Expression profiling by array)方式产生,使用 GPL6244 平台,物种为人类(9606)。关于样本的具体来源组织、细胞类型、处理条件、实验设计细节以及原始数据处理流程,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于围绕 CTCFL 与 CTCF 功能关系、cohesin 在活跃启动子处的结合调控以及相关基因表达变化开展分析,也可作为肿瘤 / 急性髓系白血病方向中染色质调控因子研究的参考表达谱数据。由于主题标签标明为芯片表达谱,适合用于表达层面的差异分析、样本间比较以及与公共表达数据的整合探索。具体适用分析类型需结合数据实际内容判断,源站未提供更详细的适用说明。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE67096_series_matrix.txt.gz,该文件为 GZIP 压缩包格式。读取时应按文件格式进行解压与解析,建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入后续分析流程。由于该数据集为 SuperSeries,若需追溯具体子系列或更细粒度的实验信息,应结合源站记录进一步查看,源站未提供子系列清单及字段说明。

【质量与限制】

该数据集共包含 1 个文件,数据规模与样本组成信息有限;源站描述仅说明其为由若干 SubSeries 组成的 SuperSeries,未提供各子系列的具体内容、样本量、质控指标或数据处理细节。因此在使用前应自行核对文件字段与编码,评估数据完整性。关于数据质量评价、批次信息及潜在偏倚,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Gopuraja Dharmalingam,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。引用时应遵循 NCBI GEO 的引用规范并注明数据集编号 GSE67096。关于该数据集的具体许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE67096

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.

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