GSE67094:CTCF旁系同源物CTCFL破坏活跃启动子处的cohesin [人类]
该数据集来自NCBI GEO,标题为CTCF旁系同源物CTCFL破坏活跃启动子处的cohesin(人类),属于肿瘤/急性髓系白血病分类
![GSE67094: The CTCF paralog CTCFL disrupts cohesin at active promoters. [human]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/144614.jpg)
基本信息
资源简介
GSE67094:CTCF旁系同源物CTCFL破坏活跃启动子处的cohesin [人类]
GSE67094 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达数据集,英文标题为“The CTCF paralog CTCFL disrupts cohesin at active promoters. [human]”,中文可译为“CTCF 旁系同源物 CTCFL 破坏活跃启动子处的 cohesin(人类)”。该数据集在本站归入肿瘤 / 急性髓系白血病分类,围绕人 K562 细胞中 hCTCFL 敲低后的基因表达变化展开,采用芯片表达谱分析,平台编号为 GPL6244,物种编号为 9606。数据集由 Hegias、Mira-Bontenbal 提交,发布时间为 201 年 3 月 20 日,共包含 1 个文件,样例文件为 GSE67094_series_matrix.txt.gz。整体而言,该数据集适合用于考察 CTCFL 与 CTCF、cohesin 在活跃启动子区域相互关系的转录组层面研究。
【数据集背景】
该数据集关注 CTCF 旁系同源物 CTCFL 在人类细胞中的作用。CTCF 是重要的染色质组织因子,而 CTCFL 作为其旁系同源物,可能影响 CTCF 相关复合物在基因组上的分布与功能。源站标题明确指出研究主题为“CTCFL 破坏活跃启动子处的 cohesin”,说明该数据集服务于理解 CTCFL 对活跃启动子区域 cohesin 占据及基因表达的影响。数据集被归入肿瘤 / 急性髓系白血病分类,提示其应用语境与肿瘤及白血病研究相关。
【数据内容】
数据集的核心内容是基因表达谱数据,来源于对人 K562 细胞中 hCTCFL 进行敲低后的表达变化分析。源站描述为“Analysis of gene expression changes in human K562 cells depleted of hCTCFL”,即分析 hCTCFL 缺失的人 K562 细胞中的基因表达改变。数据以芯片表达谱形式组织,主题标签包括 Expression profiling by array、GPL6244 和 9606,分别对应表达谱芯片、平台编号和人类物种编号。数据集仅包含 1 个文件,样例文件名为 GSE67094_series_matrix.txt.gz。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI GEO,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。数据集作者为 Hegias 和 Mira-Bontenbal,发布时间为 201 年 3 月 20 日。样本体系为人 K562 细胞,实验处理为 hCTCFL 敲低,检测方式为表达谱芯片,平台为 GPL6244。除上述信息外,样本数量、生物学重复数、具体培养条件与处理细节源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于研究 CTCFL 敲低对 K562 细胞转录组的影响,也可作为探讨 CTCF 旁系同源物与 cohesin 在活跃启动子处相互关系的表达层面证据。结合其肿瘤 / 急性髓系白血病分类,还可用于白血病相关细胞模型中基因表达调控的分析。适合作为芯片表达谱分析、差异表达分析及与染色质因子功能研究配套的转录组数据资源。
【使用方法】
使用时可下载数据文件 GSE67094_series_matrix.txt.gz,该文件为 GZIP 压缩包格式。读取时应按文件格式解压并解析表达矩阵,先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入分析流程。由于数据集仅含 1 个文件,接入时需注意该文件即为系列矩阵文件,应据此组织样本与基因层面的表达信息。
【质量与限制】
该数据集文件数量为 1,属于系列矩阵层面的汇总数据,源站未提供原始芯片文件、样本数量、重复设置及质控指标的详细说明。数据仅涉及人 K562 细胞中 hCTCFL 敲低后的表达谱,结论外推到其他细胞类型或体内场景需谨慎。发布时间标注为 201 年 3 月 20 日,年份信息不完整,源站未提供更精确的时间说明。
【引用与许可】
数据集作者为 Hegias 和 Mira-Bontenbal,来源站为 NCBI GEO,数据集编号为 GSE67094。引用时应依据源站要求标注该数据集及作者信息。关于许可条款与使用限制,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE67094
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
人K562细胞中hCTCFL敲低后的基因表达变化分析 共有6个样本。3个对照K562细胞生物学重复和3个经siRNA敲低CTCFL的K562生物学重复。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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