GSE65349:SRSF2突变损害造血并改变外显子识别
该数据集来自NCBI GEO,包含1个文件(GSE65349_series_matrix.txt.gz),主题为肿瘤/急性髓系白血病,采用高通量测序进行表达谱分析

基本信息
资源简介
GSE65349:SRSF2突变损害造血并改变外显子识别
SRSF2 mutations impair hematopoiesis and alter exon recognition
该数据集来自NCBI GEO,包含1个文件(GSE65349_series_matrix.txt.gz),主题为肿瘤/急性髓系白血病,采用高通量测序进行表达谱分析。数据涉及SRSF2突变对造血及RNA剪接的影响,可用于研究剪接因子突变如何改变RNA识别、导致造血分化受损及骨髓增生异常,并识别关键转录调控因子的反复错误剪接事件(来源 NCBI)。
【数据集背景】
源站首次发布:Jan 27 201。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):编码剪接体蛋白的基因突变是骨髓增生异常综合征患者中最常见的一类突变,但目前尚不清楚这些突变如何影响造血或RNA剪接。在此我们报告,影响剪接因子SRSF2的突变改变了其正常的RNA识别活性,导致造血分化受损和骨髓增生异常。常见的SRSF2突变损害了野生型SRSF2正常的RNA结合亲和力以及对特定外显子剪接增强子RNA基序的偏好。整合小鼠和人类转录组数据识别出在突变型SRSF2存在时关键转录调控因子的反复错误剪接,包括促进EZH2一个高度保守的“毒”外显子,该外显子导致无义介导的衰变并促成造血受损。这些数据提供了机制性
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签:GPL11154、9606。本站分类:肿瘤/急性髓系白血病。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE65349
【使用注意】
· 源站最后修改于 May 15 201,引用时请注意版本时效。
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据说明
编码剪接体蛋白的基因突变是骨髓增生异常综合征患者中最常见的一类突变,但目前尚不清楚这些突变如何影响造血或RNA剪接。在此我们报道,影响剪接因子SRSF2的突变改变了其正常的RNA识别活性,导致造血分化受损和骨髓增生异常。常见的SRSF2突变削弱了野生型SRSF2正常的RNA结合亲和力及其对特定外显子剪接增强子RNA基序的偏好性。整合小鼠和人类转录组数据发现,在突变型SRSF2存在时,关键转录调控因子反复出现剪接异常,包括促进EZH2一个高度保守的“毒性”外显子,导致无义介导的衰变并促成造血受损。这些数据为骨髓增生异常中剪接体蛋白特定突变的富集提供了机制基础,并提示RNA识别活性的改变是白血病发生的一种新机制。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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