活性表观遗传标记的形成及其回收由细胞周期特异性RNA介导 [ChIP-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE211055

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

表观遗传修饰如何在活跃基因的基因调控区域建立，其机制仍不清楚。所展示的数据表明，一种主要表观遗传标记——替代组蛋白H2A.Z的乙酰化形式——的建立和循环再生，受细胞周期特异性的长非编码RNA调控，这些RNA由活跃基因启动子邻近区域编码。这些转录本被称为SPEARs（S期早期RNA），在S期早期被诱导：它们的表达先于其所调控的下游基因的表达。SPEARs通过将替代组蛋白和组蛋白乙酰转移酶TIP60聚集在一起，驱动组蛋白H2A.Z乙酰化形式的修饰和沉积。这一广泛存在的双模式途径构成了一种新的RNA介导机制，用于建立表观遗传标记和细胞特异性表观遗传图谱，从而为染色质上表观遗传标记的准确性和持久性提供了统一的解释。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。