化学物处理THP-1细胞的转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE190511

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们对地塞米松、托法替尼、他克莫司、泼尼松龙、十二烷基硫酸钠（SLS）、阿昔洛韦、苯甲酸、染料木素、利巴韦林、氯化汞、环孢素和LPS处理的单核细胞以及未经化学处理的（基础、溶剂对照）单核细胞进行了转录组分析。使用R语言中名为edgeR的Bioconductor软件包进行差异表达分析。通过仅保留在最少样本数中具有有效计数的基因，过滤掉低表达基因。执行了edgeR中的默认归一化方法——M值的修剪均值（TMM）归一化，并获得了离散度估计（共同离散度和标签离散度），以继续进行差异表达判定。通过在每种免疫抑制剂或非免疫抑制剂与溶剂对照或对照组之间进行两两比较，并应用倍数变化和p值截断值（|倍数变化| > 1.5且p值 < 0.05），确定了差异表达基因。除十二烷基硫酸钠外，每种免疫抑制剂均与溶剂对照组进行了比较。

将免疫抑制剂十二烷基硫酸钠和非免疫抑制剂脂多糖与基础组进行了比较。将非免疫抑制剂染料木黄酮和利巴韦林与溶媒组进行了比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。