人类细胞全局供体与受体剪接位点动力学

该数据集来自 NCBI,标题为人类细胞全局供体与受体剪接位点动力学,属于肿瘤/急性髓系白血病分类,包含 1 个文件(GSE129635_series_matrix.txt.gz),主题标签涉及高通量测序表达谱、GPL20301 与 9606

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基因组预测GPL203019606
GSE129635: Global donor and acceptor splicing site kinetics in human cells

基本信息

模态
基因组
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-10-19

资源简介

人类细胞全局供体与受体剪接位点动力学

GSE129635 是一个来自 NCBI 的基因表达数据集,英文标题为 Global donor and acceptor splicing site kinetics in human cells,中文可译为“人类细胞全局供体与受体剪接位点动力学”。该数据集在本站归入肿瘤 / 急性髓系白血病分类,主题标签涉及高通量测序表达谱、GPL20301 平台与物种编号 9606。数据集共包含 1 个文件,样例文件名为 GSE129635_series_matrix.txt.gz,作者为 Leonhard、Wachutka,发布时间为 Apr 11 201。整体来看,该数据集围绕人类细胞中 RNA 剪接位点的动力学特征展开,适合作为研究剪接调控与相关疾病机制的参考数据。

【数据集背景】

该数据集源站标题为 Global donor and acceptor splicing site kinetics in human cells,关注人类细胞中供体与受体剪接位点的全局动力学。源站描述指出,瞬时转录组测序与动力学建模可用于提示 RNA 剪接的动力学与产率如何编码于人类基因组之中。这一背景说明数据集的核心主题是 RNA 剪接过程的时间特征与产量特征,而非单纯的静态表达水平比较。本站将其归入肿瘤 / 急性髓系白血病分类,表明该数据在站内被组织到肿瘤相关主题之下,可供相关研究方向参考使用。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE129635_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL20301 与 9606,分别对应高通量测序表达谱、芯片/测序平台编号以及人类物种编号。源站描述强调瞬时转录组测序与动力学建模,说明数据内容与 RNA 剪接动力学相关。除上述文件与标签信息外,源站未提供更细的字段结构、样本数量或具体测量指标说明。

【采集与来源】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI。作者信息为 Leonhard、Wachutka,发布时间为 Apr 11 201。源站描述提到瞬时转录组测序与动力学建模,可作为理解数据采集方式的线索。除此之外,源站未提供采样组织、细胞类型、实验批次或测序深度的具体说明。

【适用场景】

基于其主题与分类,该数据集可用于关注人类细胞 RNA 剪接位点动力学的研究场景,也可作为肿瘤 / 急性髓系白血病相关主题下的表达谱参考数据。主题标签中的高通量测序表达谱提示其适用于转录组层面的分析。由于源站描述涉及动力学建模,该数据也可能用于剪接动力学与产率相关的方法学参考。具体适用分析类型源站未提供。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE129635_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入。由于数据集仅包含 1 个文件,读取流程相对集中,但仍应注意压缩包解压后的矩阵结构。更详细的读取参数与字段含义源站未提供。

【质量与限制】

该数据集文件数量为 1,样例文件为 series matrix 格式,适合作为汇总矩阵使用。受限于源站未提供样本量、测序深度、重复数或质控指标,无法对数据质量作进一步评估。本站分类为肿瘤 / 急性髓系白血病,但源站描述未明确说明样本与疾病的对应关系,使用时需谨慎解读分类标签。其他质量相关信息源站未提供。

【引用与许可】

作者为 Leonhard、Wachutka,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。引用时应参考源站标题 Global donor and acceptor splicing site kinetics in human cells 及数据集编号 GSE129635。许可信息源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE129635

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

瞬态转录组测序与动力学建模揭示了RNA剪接的动力学和产率如何在人类基因组中编码。

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