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创建/更新时间

2026-10-08

资源简介

WEHI-AML-1 与 WEHI-AML-2 的简化代表性亚硫酸氢盐测序样本数据集

该数据集为针对 WEHI-AML-1 和 WEHI-AML-2 的简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）样本数据，属于肿瘤 / 急性髓系白血病分类，来源于 omicsdi.org。其英文名称为 ena-DATASET-WEHI-17-08-2017-10:21:47:480-404 - samples，主题标签为 Genomics。整体来看，该数据集围绕急性髓系白血病细胞模型展开，采用 RRBS 技术获取 DNA 甲基化相关信息，可用于基因组学层面的研究。数据来源清晰，技术路线明确，涉及 NuGEN Ovation RRBS Methyl-Seq System 建库、Qiagen Epitect 试剂盒进行亚硫酸氢盐转化，并在 Illumina HiSeq2500 平台上完成测序。以下将从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面进行介绍。

【数据集背景】

该数据集所属分类为肿瘤 / 急性髓系白血病，研究对象为 WEHI-AML-1 和 WEHI-AML-2。急性髓系白血病是一种血液系统恶性肿瘤，针对该疾病的研究常涉及基因组、表观基因组等层面的分析。简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）是一种常用于检测 DNA 甲基化的技术，能够在全基因组范围内富集 CpG 密集区域，从而以相对经济的方式获取甲基化图谱。该数据集正是基于这一技术路线，对 WEHI-AML-1 和 WEHI-AML-2 两个样本进行 RRBS 测序，以支持相关表观遗传学研究。其主题标签为 Genomics，表明数据属于基因组学范畴。

【数据内容】

该数据集为针对 WEHI-AML-1 和 WEHI-AML-2 的简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）样本数据。从名称来看，其包含样本层面的信息，涉及两个细胞模型：WEHI-AML-1 与 WEHI-AML-2。数据内容应涵盖 RRBS 测序所产生的序列数据及相关样本信息。RRBS 技术通过限制性酶切和片段筛选，富集基因组中 CpG 位点密集的区域，随后进行亚硫酸氢盐转化和测序，从而在单碱基分辨率上评估 DNA 甲基化状态。因此，该数据集可用于分析 WEHI-AML-1 和 WEHI-AML-2 的甲基化模式。关于具体样本数量、测序深度、数据量大小、文件格式等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org。根据源站描述，RRBS 文库采用 NuGEN Ovation RRBS Methyl-Seq System 构建。亚硫酸氢盐转化使用 Qiagen Epitect 试剂盒完成。测序在 Illumina HiSeq2500 平台上进行。这些信息说明了数据产生的实验流程和平台，为后续数据分析和重复实验提供了技术依据。数据集的英文名称中包含日期和时间信息（17-08-2017-10:21:47:480），可能反映了数据提交或生成的时间戳，但具体含义源站未提供。整体而言，该数据集来自公开的组学数据索引平台，具有明确的实验方法描述。

【适用场景】

该数据集适用于基因组学、表观遗传学以及急性髓系白血病相关研究。具体而言，可用于分析 WEHI-AML-1 和 WEHI-AML-2 的 DNA 甲基化模式，比较两个样本之间的甲基化差异，或与其他 AML 模型或临床样本的甲基化数据进行比较。RRBS 数据常用于识别差异甲基化区域、评估 CpG 岛甲基化状态、研究基因调控与甲基化的关系等。此外，该数据集也可作为方法学参考，用于评估 RRBS 建库和测序流程在白血病细胞模型中的应用。由于主题标签为 Genomics，其应用范围可扩展至更广泛的基因组学数据分析。关于具体的分析工具、流程或下游应用，源站未提供。

【使用方法】

使用该数据集时，通常需要先获取原始测序数据或处理后数据，然后进行质量控制、比对和甲基化 calling。RRBS 数据分析一般包括：去除接头和低质量碱基、比对到参考基因组、提取甲基化位点、计算甲基化水平、识别差异甲基化区域等。由于该数据集涉及 WEHI-AML-1 和 WEHI-AML-2 两个样本，用户可分别处理后再进行联合分析。具体的数据下载方式、文件格式、是否提供处理后数据等信息，源站未提供。用户应根据源站描述中提到的建库试剂盒和测序平台，选择兼容的分析流程。对于亚硫酸氢盐测序数据，需注意比对策略应能处理 C 到 T 的转化。关于详细的步骤和参数，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的质量信息，如测序深度、覆盖度、重复性、批次效应等，源站未提供。限制方面，由于仅涉及 WEHI-AML-1 和 WEHI-AML-2 两个样本，样本量较小，可能影响统计功效和结论的普适性。RRBS 技术本身主要覆盖 CpG 密集区域，对非 CpG 区域或重复序列的覆盖有限，因此无法全面反映全基因组甲基化状态。此外，该数据集来源于细胞模型，与临床样本之间存在差异，结果外推需谨慎。关于数据的具体质量指标和限制，源站未提供，用户在使用时应自行评估。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、许可协议、使用条款等信息，源站未提供。用户在使用时应参考 omicsdi.org 上的原始页面或相关数据提交者的要求，确保合规使用。由于源站未提供具体许可信息，建议用户直接访问来源站点获取最新和详细的引用与许可说明。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001003567

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数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001003567

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

WEHI-AML-1和WEHI-AML-2的简化代表性亚硫酸氢盐测序。RRBS文库采用NuGEN Ovation RRBS Methyl-Seq系统构建。亚硫酸氢盐转化使用Qiagen Epitect试剂盒完成。测序在Illumina HiSeq2500平台上进行。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别