Erasmus MC 急性髓系白血病 ATAC-seq 样本数据集

资源简介

Erasmus MC 急性髓系白血病 ATAC-seq 样本数据集

该数据集聚焦于 t(3;8) 急性髓系白血病（AML）中 MYC 超级增强子区域的开放染色质状态，采用 ATAC-seq 技术进行检测。ATAC-seq 是一种用于在全基因组范围内识别开放染色质区域的常用方法，能够反映调控元件的可及性。本数据集来源于 omicsdi.org，属于肿瘤 / 急性髓系白血病分类，主题标签为 Genomics。其核心科学问题在于探究 t(3;8) 易位背景下 MYC 超级增强子区域染色质开放性的变化，为理解该亚型 AML 的调控异常提供实验数据。数据集名称中包含样本（samples）信息，表明其内容为样本层面的测序数据或相关结果。整体而言，该数据集为研究特定染色体易位型 AML 的表观遗传调控机制提供了 ATAC-seq 层面的实验依据。

【数据集背景】

急性髓系白血病（AML）是一类具有高度异质性的血液系统恶性肿瘤，其中染色体易位是常见的驱动事件之一。t(3;8) 易位涉及特定基因的重排，可能影响关键癌基因的表达调控。MYC 是一个重要的原癌基因，其表达常受超级增强子等远端调控元件的控制。超级增强子区域通常表现为高度开放的染色质状态，便于转录因子结合并驱动靶基因转录。因此，在 t(3;8) AML 中研究 MYC 超级增强子区域的开放染色质，有助于揭示该易位如何通过改变染色质可及性来影响 MYC 的表达，进而参与白血病发生发展。该数据集正是基于这一背景，利用 ATAC-seq 技术对上述区域进行检测。

【数据内容】

该数据集包含通过 ATAC-seq 获得的样本数据，检测目标为 t(3;8) AML 中 MYC 超级增强子区域的开放染色质区域。ATAC-seq 能够捕获全基因组范围内开放染色质的信号，而本数据集重点关注 MYC 超级增强子区域。样本的具体数量、测序深度、基因组覆盖度、峰 calling 结果等细节，源站未提供。数据可能以原始测序读段（reads）或处理后信号文件的形式存在，但源站未提供具体格式说明。主题标签为 Genomics，表明数据属于基因组学范畴。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org。根据源站描述，ATAC-seq 实验参照 Buenrostro 等人（2013）的方法进行，但在裂解缓冲液上做了修改。修改后的裂解缓冲液成分为：0.30 M 蔗糖、10 mM Tris pH 7.5、60 mM KCl、15 mM NaCl、5 mM MgCl2、0.1 mM EGTA、0.1% NP40、0.15 mM 精胺、0.5 mM 亚精胺、2 mM 6AA。这一修改的目的是减少线粒体 DNA 污染。实验在 t(3;8) AML 样本中进行，具体样本来源、患者数量、细胞类型等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究 t(3;8) 急性髓系白血病中 MYC 超级增强子区域的染色质开放性。潜在应用包括：分析该区域在疾病状态下的开放程度，比较不同样本或条件下的染色质可及性差异，以及结合其他基因组学数据探索调控机制。由于主题标签为 Genomics，该数据集也可用于基因组学层面的整合分析。但具体适用场景需结合源站未提供的实验设计信息进一步确定。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法，包括数据下载方式、预处理流程、分析工具推荐等。用户可能需要参考 ATAC-seq 标准分析流程，如读段比对、峰 calling、信号可视化等，但本数据集未说明是否提供预处理数据或分析脚本。

【质量与限制】

源站未提供质量评估信息，如测序质量、重复性、批次效应等。已知的实验修改（裂解缓冲液成分调整）旨在减少线粒体 DNA 污染，这可能提高数据质量，但具体效果未在源站描述中量化。限制方面，源站未提供样本量、对照设置、数据覆盖度等关键信息，因此无法评估数据的统计效力或普适性。此外，该数据集仅针对 t(3;8) AML 的 MYC 超级增强子区域，结论可能不适用于其他 AML 亚型或其他基因组区域。

【引用与许可】

源站未提供引用信息或许可条款。用户在使用该数据集时，应自行查阅 omicsdi.org 上的原始记录以获取引用要求和许可细节。