ErasmusMC 急性髓系白血病 t(3;3) ChIP-seq 样本数据集
该数据集来自 ErasmusMC，聚焦 t(3;3) 急性髓系白血病（AML）患者原始细胞，通过 ChIP-seq 比较易位等位基因与非易位等位基因上 GATA2 super-enhancer 的差异
基本信息
资源简介
ErasmusMC 急性髓系白血病 t(3;3) ChIP-seq 样本数据集
该数据集来自 ErasmusMC，聚焦 t(3;3) 急性髓系白血病（AML）患者原始细胞，通过 ChIP-seq 比较易位等位基因与非易位等位基因上 GATA2 super-enhancer 的差异。数据集英文名称为 ena-DATASET-ErasmusMC-hema-19-12-2020-08:14:50:597-97 - samples，在站点分类中归属于肿瘤 / 急性髓系白血病方向，来源站为 omicsdi.org，主题标签为 Genomics。整体来看，该数据集围绕特定染色体易位背景下 GATA2 super-enhancer 的表观遗传特征展开，包含 H3K27ac 与 MYB 两类 ChIP-seq 实验，可用于研究 t(3;3) AML 中易位等位基因与非易位等位基因在调控层面的差异。
【数据集背景】
急性髓系白血病是一类具有高度异质性的血液系统恶性肿瘤，染色体易位是其重要的分子特征之一。t(3;3) 易位是 AML 中一种特定的染色体异常形式。该数据集的研究背景在于，针对 t(3;3) AML 患者的原始细胞，评估 GATA2 super-enhancer 在易位等位基因与非易位等位基因之间是否存在差异。这一问题的提出，与 GATA2 在造血调控中的关键作用以及 super-enhancer 在基因表达调控中的重要地位密切相关。通过 ChIP-seq 手段，可以在全基因组范围内对特定组蛋白修饰和转录因子结合情况进行检测，从而为比较两个等位基因上的调控元件状态提供数据基础。
【数据内容】
该数据集包括 2 个 H3K27ac ChIP-seq 样本和 1 个 MYB ChIP-seq 样本。H3K27ac 通常作为活跃增强子区域的标志，而 MYB 是一种重要的转录因子。样本来源于 t(3;3) AML 患者的原始细胞。数据旨在通过 ChIP-seq 实验，比较易位等位基因与非易位等位基因上 GATA2 super-enhancer 的差异。除上述样本构成和实验目标外，源站未提供更多关于样本数量、患者个体信息、重复次数或数据文件具体组成的内容。
【采集与来源】
ChIP 样本按照 Illumina TruSeq ChIP Sample Preparation Protocol（Illumina）或 Diagenode Library V3 preparation protocol（Diagenode）进行文库制备。测序策略包括两种：在 HiSeq 2500 平台（Illumina）上进行单端测序（1x 50 bp），或在 Novaseq 6000 平台（Illumina）上进行双端测序（2x100 bp）。数据来源站为 omicsdi.org，原始数据与样本信息由 ErasmusMC 产生。关于样本采集时间、患者临床信息、伦理审批信息等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究 t(3;3) AML 中 GATA2 super-enhancer 在易位等位基因与非易位等位基因之间的表观遗传差异。具体而言，可用于分析 H3K27ac 修饰在两组等位基因上的分布差异，以及 MYB 转录因子结合情况。主题标签为 Genomics，表明其属于基因组学范畴。该数据可用于 AML 分子机制研究、染色质调控研究以及 super-enhancer 相关分析等场景。关于是否适用于临床诊断或其他特定应用，源站未提供。
【使用方法】
在数据处理方面，单端测序读段使用 bowtie 比对到人类参考基因组 hg19，双端测序读段使用 bowtie2 比对到 hg19。用户可基于比对结果进行后续的峰值检测、等位基因特异性分析以及 super-enhancer 区域比较。关于具体的分析流程、参数设置、标准化方法或推荐软件，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集包含 2 个 H3K27ac ChIP-seq 和 1 个 MYB ChIP-seq，样本数量有限。测序平台和读长信息已明确，但源站未提供关于数据质量评分、重复性、对照样本、批次效应或覆盖度等方面的具体指标。此外，源站未提供患者层面的临床注释或易位等位基因的具体判定方法。因此，在使用该数据集时，需注意其样本规模较小以及注释信息有限的特点。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、许可协议或使用限制信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001006821
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在t(3;3)急性髓系白血病患者的原始细胞中进行了ChIP-seq，以评估易位等位基因与非易位等位基因之间GATA2超级增强子的差异。该数据集包括2份H3K27ac ChIP-seq和1份MYB ChIP-seq。ChIP样本按照Illumina TruSeq ChIP样本制备方案（Illumina）或Diagenode Library V3制备方案（Diagenode）进行处理，并在HiSeq 2500平台（Illumina）上进行单端测序（1x 50 bp），或在Novaseq 6000平台（Illumina）上进行双端测序（2x100 bp）。简言之，单端测序的reads使用bowtie比对到人类参考基因组hg19，双端测序的reads使用bowtie2进行比对。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
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