朗格汉斯细胞组织细胞增生症转录组分析以确定细胞特异性基因表达

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-16395

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数据说明

朗格汉斯细胞组织细胞增生症（LCH）的特征是含有CD207+朗格汉斯细胞（LCs）和淋巴细胞的多相性病变。在本研究中，我们从LCH病变中分离出CD207+细胞和CD3+ T细胞，以确定细胞特异性基因表达。与对照表皮CD207+细胞相比，LCH CD207+细胞产生了2113个差异表达基因（FDR<0.01）。令人惊讶的是，许多先前与LCH相关的基因，包括细胞周期调节因子、促炎细胞因子和趋化因子的表达，在我们的研究中与对照LCs没有显著差异。然而，一些其产物能激活和招募T细胞至炎症部位的新基因，包括SPP1（骨桥蛋白），在LCH CD207+细胞中高度过表达。此外，一些与未成熟髓系树突状细胞相关的基因在LCH CD207+细胞中过表达。与来自LCH患者的外周CD3+细胞相比，LCH病变CD3+细胞仅产生162个差异调节基因（FDR<0.01），并且LCH病变CD3+细胞的表达谱与活化的调节性T细胞表型一致，表现为FOXP3、CTLA4以及SPP1表达增加。

基于这些结果，我们提出了一种朗格汉斯细胞组织细胞增生症(LCH)发病机制的新模型，其中病变并非源自表皮朗格汉斯细胞，而是源自骨髓来源的未成熟髓系树突状细胞的积累，这些细胞招募了活化的淋巴细胞。通过比较Affymetrix基因芯片(U133A Plus 2.0)上扩增cDNA的杂交信号，评估了LCH活检标本中的细胞特异性基因表达(表1)。进行了三组比较：1)将13例LCH CD207+样本与12例对照皮肤LCH CD207+样本进行比较。2)将7例LCH病变CD3+样本与来自同一患者的7例外周血CD3+样本进行比较。3)将12例LCH病变CD3+样本与4份混合对照扁桃体CD3+样本(每份混合5个单独扁桃体CD3+样本)进行比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。