炎症性关节炎中人滑膜的单细胞RNA测序

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-11791

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究提出：- 一种用于人类滑膜单细胞RNA测序研究的优化滑膜解离方案。该方案能够从前瞻性收集的炎症性关节炎患者新鲜滑膜活检组织中分离出高产量的存活滑膜细胞，且样本流失率极低。该方案源自Donlin及其同事发表的冷冻保存滑膜解离方法（Arthritis Res. Ther. 2019）。- 一份炎症性关节炎新鲜人类滑膜的参考单细胞图谱，包含来自27份新鲜解离滑膜的超过100,000个未分选滑膜scRNA-seq图谱，这些滑膜来自不同类型炎症性关节炎患者。滑膜细胞可分为10个淋巴系、14个髓系和17个基质滑膜细胞群体及亚群，其中包括滑膜中性粒细胞，广泛代表了炎症性关节炎中人类滑膜的细胞异质性和组成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。