初治类风湿关节炎患者配对PBMC与滑膜组织单细胞RNA测序

资源简介

初治类风湿关节炎患者配对PBMC与滑膜组织单细胞RNA测序

该数据集聚焦于类风湿关节炎（Rheumatoid Arthritis, RA）在未接受治疗阶段的免疫细胞转录特征，采集了3例未经治疗的RA患者配对的外周血（Peripheral Blood, PB）与滑膜组织（Synovial Tissue, ST）样本。研究者对上述样本中的活CD45+细胞进行分选，利用10x Genomics平台开展单细胞RNA测序（scRNAseq），以在单细胞分辨率下刻画外周循环与关节局部免疫细胞的转录组图谱。该数据集属于肌肉骨骼系统疾病范畴，主题标签为转录组学（Transcriptomics），来源于omicsdi.org。其核心价值在于为理解RA初治状态下外周与滑膜免疫细胞异质性提供直接的单细胞转录组数据基础。

【数据集背景】

类风湿关节炎是一种以慢性滑膜炎和关节破坏为特征的自身免疫性疾病，免疫细胞在疾病发生与持续中发挥关键作用。外周血与滑膜组织分别代表系统循环与关节局部两个重要免疫微环境，对二者进行配对比较有助于揭示免疫细胞在组织间迁移、活化与功能分化上的差异。该数据集针对未接受治疗的RA患者，可避免药物干预对免疫细胞状态和转录谱的潜在影响，从而更接近疾病自然状态下的细胞特征。这一设计为研究RA初治阶段的免疫机制提供了独特的样本基础。

【数据内容】

该数据集包含来自3例未接受治疗的RA患者的外周血和滑膜组织样本。研究对象为分选后的活CD45+细胞，即白细胞群体，覆盖适应性免疫与固有免疫相关细胞类型。测序在单细胞水平进行，采用10x Genomics平台，能够获得单个细胞的转录组信息。数据主题属于转录组学，可用于分析细胞类型组成、基因表达差异以及细胞状态异质性。该数据集强调外周血与滑膜组织的配对关系，为组织间免疫细胞比较提供直接数据支持。

【采集与来源】

样本来自3例未接受治疗的RA患者，分别采集外周血和滑膜组织。对上述样本中的活CD45+细胞进行分选，随后用于单细胞RNA测序。测序平台为10x Genomics，文库构建使用10X Single Cell 3’ Reagent Kits v2，测序在Illumina HiSeq 4000系统上完成，测序深度至少为每细胞50k reads。数据来源站为omicsdi.org，本站分类为肌肉骨骼系统疾病 / 其他。

【适用场景】

该数据集适用于类风湿关节炎免疫机制研究，尤其是初治状态下外周血与滑膜组织免疫细胞的比较分析。可用于探索CD45+免疫细胞在循环与关节局部之间的组成差异、转录状态差异及潜在功能分化。也可用于单细胞转录组分析方法开发与验证，例如细胞类型注释、差异表达分析、细胞状态识别以及组织间细胞通讯推断等。由于样本来自未接受治疗的患者，该数据集还可用于建立疾病自然状态下的免疫细胞基线，为后续治疗相关研究提供参照。

【使用方法】

使用该数据集时，可先对单细胞转录组数据进行质控、比对与定量，获得基因表达矩阵。随后进行细胞过滤、归一化、降维与聚类，识别主要免疫细胞类型及亚群。结合样本来源信息，可将细胞按外周血与滑膜组织分组，比较组织间细胞组成与基因表达差异。针对配对设计，可开展患者内与患者间的比较分析。若需更高分辨率，可进一步进行亚群分析、差异表达分析、通路富集分析或细胞状态轨迹推断。使用时应关注每细胞测序深度至少50k reads这一信息，以评估数据质量与基因检出情况。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、批次效应、细胞数量、基因检出数或测序饱和度的具体指标。已知测序深度为每细胞至少50k reads，文库构建与测序平台信息明确。样本量方面，该数据集来自3例未接受治疗的RA患者，属于小样本设计，可能限制统计功效与结论外推。源站未提供关于患者临床特征、疾病活动度、用药史（除未接受治疗外）或样本处理时间等详细信息。源站未提供数据许可、使用限制或伦理审批信息。使用者在解释结果时应考虑样本量小以及缺乏完整临床背景所带来的局限。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。