ACTA2谱系示踪小鼠、大鼠和犬半月板单细胞RNA测序

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-16550

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究呈现了半月板的跨物种单细胞转录组图谱。分析对象包括遗传谱系示踪小鼠、野生型大鼠和犬。遗传谱系示踪小鼠：ACTA2-CreERT小鼠（通过CRISPR/Cas9在Acta2基因座敲入生成）与R26-CAG-LSL-tdTomato报告小鼠杂交。所有小鼠均接受他莫昔芬处理（75 mg/kg，腹腔注射，连续5天）以诱导ACTA2谱系细胞中tdTomato的表达。半月板分别取自诱导后早期队列（2周龄，n=13）和晚期队列（10周龄，n=10）。其他物种：同时分析了12周龄雄性Sprague-Dawley大鼠（n=4）和12月龄雄性比格犬（n=2）的半月板。使用BD Rhapsody系统捕获单细胞悬液并进行条形码标记。文库采用BD Resolve全转录组扩增流程构建，并在Illumina平台上测序。生物信息学分析使用Seurat进行整合、聚类和细胞类型注释，随后进行亚群分析和轨迹推断。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。