骨髓与角膜来源肌成纤维细胞的定量蛋白质组学比较

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000084599

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数据说明

肌成纤维细胞是一种成纤维细胞样细胞，在伤口愈合、组织修复和纤维化中发挥作用，来源于骨髓（BM）及多种局部祖细胞。在角膜中，肌成纤维细胞主要来源于基质角膜细胞以及上皮-基质和内皮-基质损伤后骨髓来源的纤维细胞。为探究可能的功能差异，研究者对来自兔角膜和骨髓的成熟α-平滑肌肌动蛋白（α-SMA）+肌成纤维细胞进行了定量蛋白质组学比较。从四只新西兰白兔中制备了角膜来源和骨髓来源的α-SMA+肌成纤维细胞原代培养物，并通过免疫细胞化学确认其为肌成纤维细胞。采用LC MS/MS iTRAQ技术，使用Orbitrap Fusion Lumos Tribrid质谱仪、Mascot搜索引警、加权平均定量方法以及UniProt兔和人类数据库，对每只兔的配对角膜来源和骨髓来源肌成纤维细胞标本进行分析。从≥3只兔中鉴定出具有≥2个独特肽段的2329个定量蛋白质中，共鉴定出673个差异表达（DE）蛋白质。

对差异表达蛋白（DE proteins）进行生物信息学分析并结合Ingenuity通路分析（IPA），揭示了肌成纤维细胞中依赖祖细胞的功能差异，这些差异可能影响组织发育。我们的结果表明，骨髓来源的肌成纤维细胞可能更倾向于形成过量的细胞物质和细胞外物质，而这些正是纤维化的特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。