PXD001799：CD38基因敲除小鼠中胶原诱导性关节炎与完全弗氏佐剂诱导炎症相关的不同血清蛋白质组谱：蛋白质种类或蛋白质形式的判别能力。基于肽质量指纹图谱的蛋白质鉴定

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD001799

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

II型胶原诱导性关节炎（CIA）是一种自身免疫性疾病，涉及复杂的宿主全身反应，包括炎症和自身免疫反应。C57BL/6小鼠中的CIA在疾病进程、组织学表现以及对常用抗关节炎药物的反应方面与人类类风湿关节炎（RA）相似。本研究的目标是鉴定血清中在CD38基因敲除（CD38-KO）小鼠与野生型（WT）小鼠之间丰度发生变化的蛋白质，这些变化可能反映了它们对诱导自身免疫性疾病发生的抗原刺激的不同反应。CD38-/-小鼠中的CIA较野生型（WT）小鼠更轻。我们分析了来自CD38-/-与WT小鼠的血清，这些小鼠分别患有 arthritis（CIA+）、无关节炎（CIA-）或存在炎症（完全弗氏佐剂（CFA）处理的小鼠）。为降低血清的动态浓度范围，使用了由六肽组成的组合配体库（称为ProteoMiner）。随后对经ProteoMiner均一化的血清样本进行2D-DiGE和MS-MALDI-TOF/TOF分析，以鉴定相对丰度发生变化的蛋白质。

多变量分析显示，一种多蛋白特征（n = 28）能够区分CIA+与CIA-小鼠，以及在每种条件下区分WT与CD38-/-小鼠。同样，鉴定出另一种不同的多蛋白特征（n = 16），它能区分CIA+ CD38-/-小鼠与CIA+ WT小鼠，最后，第三种多蛋白特征（n = 18）表明，在响应CFA治疗时，CD38-/-与WT小鼠可以被区分开来。这种方法允许在单次分析中鉴定多种蛋白质种类，或给定蛋白质的蛋白质形式，并因此将兴趣集中在完全表征那些丰度不同的蛋白质种类上。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。