PRJEB79587：发热范围温度改变小鼠促炎巨噬细胞介导的持续性胞葬作用

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB79587

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   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

发热是炎症的一个主要标志，已被证明能够调节巨噬细胞的功能。在此，我们探究发热是否影响巨噬细胞的胞葬作用。该过程对于炎症的消退以及通过将巨噬细胞重编程为促消退表型而恢复稳态至关重要。利用LPS和IFN-γ刺激的原代小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDM）（M1样BMDM），我们首先通过RNA测序（RNAseq）、定量RT-PCR（RT-qPCR）和细胞内流式细胞术（FC）验证了暴露于发热范围温度（39.5°C）可诱导热休克蛋白反应。随后，我们观察到发热范围温度降低了促炎巨噬细胞的胞葬作用，这一结果通过两种不同的基于FC的检测方法以及IncuCyte®活细胞成像进行评估。暴露于发热范围温度的巨噬细胞其胞葬能力降低，源于其与凋亡细胞相互作用及内化这些死亡细胞的能力下降。这种基于实时成像的胞葬作用检测还显示，热降低了巨噬细胞响应凋亡细胞的细胞运动能力。

在我们的RNAseq数据集中，我们发现Adam17基因上调，并通过RT-qPCR分析证实了这一增加。由于该基因编码一种切割胞葬受体Mer的蛋白酶，我们通过FC测定了Mer的表达，并通过ELISA测定了培养上清液中的可溶性Mer。发热范围的高温诱导了促炎巨噬细胞表面Mer的切割。总体而言，发热范围高温诱导的胞葬作用降低可能是由于Mer表达减少所致。这表明，发热通过作用于Mer的表达，降低了巨噬细胞的胞葬能力，从而延长了促炎状态。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。