PRJEB126972:WT与gunmetal小鼠FACS分选CD41+骨髓细胞的单细胞RNA-seq分析

数据来源于NCBI BioProject,属于肌肉骨骼系统疾病/其他分类,主题标签为Other。可用于比较WT与gunmetal小鼠CD41+骨髓细胞的单细胞转录组特征,支撑骨髓细胞异质性及相关疾病机制研究(来源 NCBI)

sra
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基因组分类Other
PRJEB126972: Single-cell RNA-seq analysis of FACS-sorted CD41+ bone marrow cells from WT and gunmetal mice

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJEB126972:WT与gunmetal小鼠FACS分选CD41+骨髓细胞的单细胞RNA-seq分析

PRJEB126972 是一个来源于 NCBI BioProject 的单细胞 RNA 测序数据集,全称为“Single-cell RNA-seq analysis of FACS-sorted CD41+ bone marrow cells from WT and gunmetal mice”。该数据集聚焦于野生型(WT)与 gunmetal 小鼠骨髓中经 FACS 分选的 CD41 阳性细胞,通过单细胞转录组测序手段获取其基因表达信息。从分类角度看,该数据被归入肌肉骨骼系统疾病 / 其他类别,主题标签为 Other。整体而言,该数据集可用于比较两种小鼠模型下 CD41+ 骨髓细胞的单细胞转录组特征,为理解骨髓细胞异质性以及相关疾病机制研究提供数据支撑。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject,源站标题为“Single-cell RNA-seq analysis of FACS-sorted CD41+ ... (ID 1536126) - BioProject - NCBI”。BioProject 是 NCBI 提供的一种记录形式,用于汇集与某一项研究计划相关的多种生物数据,这些数据通常来自单一机构或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供统一入口,以便查找该项目所产生的不同类型的数据。该数据集所属的 BioProject 编号为 PRJEB126972,其研究内容围绕 WT 与 gunmetal 小鼠的 CD41+ 骨髓细胞展开。本站将其归入肌肉骨骼系统疾病 / 其他分类,主题标签为 Other。

【数据内容】

该数据集的核心内容是单细胞 RNA 测序分析,研究对象为经 FACS 分选的 CD41+ 骨髓细胞,样本来源包括 WT 小鼠和 gunmetal 小鼠。通过单细胞转录组测序,可以获得这些细胞的基因表达谱,从而在单细胞水平上比较 WT 与 gunmetal 小鼠 CD41+ 骨髓细胞之间的转录组差异。该数据可用于刻画骨髓细胞的异质性,并支撑与相关疾病机制有关的研究。除上述信息外,源站未提供更详细的数据内容描述,例如具体细胞数量、测序深度、基因数目或分析流程等。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI BioProject 数据库中的记录。其英文名称为“PRJEB126972: Single-cell RNA-seq analysis of FACS-sorted CD41+ bone marrow cells from WT and gunmetal mice”,源站标题为“Single-cell RNA-seq analysis of FACS-sorted CD41+ ... (ID 1536126) - BioProject - NCBI”。样本涉及 WT 与 gunmetal 小鼠的骨髓 CD41+ 细胞,并经过 FACS 分选。关于具体的采集时间、地点、实验条件、建库方法或测序平台等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于比较 WT 与 gunmetal 小鼠 CD41+ 骨髓细胞的单细胞转录组特征,可用于探索骨髓细胞异质性,并支撑相关疾病机制研究。由于分类归属于肌肉骨骼系统疾病 / 其他,主题标签为 Other,其潜在应用方向包括与骨髓细胞相关的病理生理研究以及单细胞层面的差异表达分析。具体适用场景需结合源站记录及原始研究设计进一步确认,源站未提供更详细的适用说明。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录进行访问和检索。BioProject 记录提供统一入口,用户可借此查找与该项目相关的多种数据类型。使用时应依据源站提供的链接获取原始数据或相关元数据。关于具体的下载方式、数据格式、分析工具或处理步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject,属于公开数据库记录。其质量与限制信息,例如样本质量、测序质量、批次效应、数据完整性或潜在偏差等,源站未提供。使用时需注意,该数据集仅针对 FACS 分选的 CD41+ 骨髓细胞,且比较对象为 WT 与 gunmetal 小鼠,结论不宜直接外推至其他细胞类型、其他组织或其他物种。源站未提供更详细的质量评估或限制说明。

【引用与许可】

该数据集的引用方式与许可信息,源站未提供。使用时应参考 NCBI BioProject 记录中的相关说明,并遵循源站及原始数据提供方的要求。由于源站未提供具体许可条款,建议用户直接访问 NCBI BioProject 页面获取最新信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB126972

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

蛋白质异戊二烯化对于信号传导和运输蛋白的膜定位至关重要。我们在来自19个近亲家庭的23名患者中发现了一种反复出现的纯合RABGGTA错义变异(L235F),这些患者患有一种严重的多系统疾病,其特征为双系血细胞减少、反复感染、全身性炎症和危及生命的出血。该变异使Rab香叶基香叶基转移酶不稳定,导致广泛的Rab低异戊二烯化、错误定位和囊泡运输缺陷。RABGGTA缺陷损害了巨核细胞成熟、血小板颗粒生成和聚集,以及细胞毒性淋巴细胞功能,导致巨血小板减少症和HLH样炎症。转录组学和蛋白质组学分析揭示了囊泡运输和应激反应通路的广泛失调。Rabggta完全缺失在小鼠中是胚胎致死的,而亚效型gunmetal小鼠重现了人类疾病的关键血液学和炎症特征。因此,RABGGTA缺陷定义了人类中首个蛋白质异戊二烯基转移酶功能的孟德尔遗传病,并揭示Rab异戊二烯化是血小板和免疫稳态的关键调节因子。

本数据集对应于从野生型和gunmetal小鼠中通过FACS分选的CD41+骨髓细胞的单细胞RNA测序。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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