牛津纳米孔16S rRNA测序数据中radEmu与ANCOM-BC2在三种分类流程下的比较评估
数据可用于微生物组差异丰度分析方法与分类流程的基准比较研究（来源 NCBI）。BioProject 是与单一计划相关、来自单一组织或联盟的生物数据集合
基本信息
资源简介
牛津纳米孔16S rRNA测序数据中radEmu与ANCOM-BC2在三种分类流程下的比较评估
PRJEB125711 是一个围绕 Oxford Nanopore 16S rRNA 测序数据展开的比较评估项目，其英文全称为 Comparative Evaluation of radEmu and ANCOM-BC2 Across Three Classification Pipelines for Oxford Nanopore 16S rRNA Sequencing Data。该项目在 NCBI 的 BioProject 数据库中以 CIA_comparDA（ID 1541851）的记录形式存在，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。从标题可以看出，该数据集的核心目标是对 radEmu 与 ANCOM-BC2 两种方法在三种分类流程下的表现进行对比评估，研究对象为 Oxford Nanopore 平台的 16S rRNA 测序数据。BioProject 作为生物数据的集合记录，为与单一计划相关、来自单一组织或联盟的数据提供统一的检索入口。该数据集在本站被归类于肌肉骨骼系统疾病 / 其他，主题标签为 Other，整体上属于微生物组差异丰度分析方法与分类流程基准比较研究的数据资源。
【数据集背景】
该数据集以 BioProject 的形式组织。BioProject 是围绕某一项单一计划而汇集起来的生物数据集合，这些数据来自单一组织或联盟。BioProject 记录的作用，是为用户提供一个统一的位置，以便查找该项目所产生的多种类型的数据。PRJEB125711 正是在这一框架下，针对 Oxford Nanopore 16S rRNA 测序数据，开展 radEmu 与 ANCOM-BC2 在三种分类流程下的比较评估。其源站标题为 CIA_comparDA（ID 1541851），所属 BioProject 编号为 PRJEB125711。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Other，本站分类为肌肉骨骼系统疾病 / 其他。其英文名称明确指向 Oxford Nanopore 16S rRNA 测序数据，并围绕 radEmu 与 ANCOM-BC2 两种方法在三种分类流程下的比较评估展开。关于数据的具体样本数量、序列条数、文件格式、数据体积等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，以 BioProject 记录形式存在，源站标题为 CIA_comparDA（ID 1541851）。BioProject 记录本身是与单一计划相关、来自单一组织或联盟的生物数据集合，并提供查找该项目所生成多种数据类型的统一入口。关于具体的采样地点、采样时间、测序中心、样本处理流程等信息，源站未提供。
【适用场景】
依据其短描述，该数据可用于微生物组差异丰度分析方法与分类流程的基准比较研究。具体而言，它服务于对 radEmu 与 ANCOM-BC2 在三种分类流程下、针对 Oxford Nanopore 16S rRNA 测序数据的比较评估。关于其他潜在应用场景，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明。作为 BioProject 记录，其一般用途是提供统一入口以查找与该单一计划相关的多种数据类型。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量与限制的具体说明。
【引用与许可】
源站未提供关于引用方式与许可条款的具体信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB125711
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究从胶原诱导性关节炎小鼠肠道微生物组实验中生成了全长16S rRNA基因扩增子测序数据。该数据集包含在基线和疾病严重程度峰值时采集的38份生物样本，以及四种测序对照：ZymoBIOMICS微生物群落全细胞标准品、DNA提取阴性对照、ZymoBIOMICS微生物群落DNA标准品和无模板阴性对照。扩增子采用Oxford Nanopore技术进行测序。原始FASTQ数据支持使用Kraken2结合Bracken以及minimap2的标准EPI2ME实现，连同EMU（一种基于minimap2的分析工具，在高性能计算集群上独立运行）进行 taxonomic classification 和丰度估计的评估。该数据集可用于比较不同分析流程在属和种水平的分类学归属、检测到的分类群、丰度谱以及分类器一致性。它还支持评估参考数据库、分类学命名法和下游差异丰度方法如何影响微生物组结论。
这些数据已存储，以便于对牛津纳米孔全长16S rRNA分析工作流程进行可重复的基准测试，并促进测序数据集的独立再利用。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
