PRJEB104126：猪DMD转化模型、杂合雌性携带者及健康野生型肌卫星细胞RNA-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB104126

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

卫星细胞（SCs）是骨骼肌的干细胞群体，对生长和再生至关重要，其功能障碍日益被认为是杜氏肌营养不良症（DMD）的一个促成因素。DMD是一种由DMD基因突变引起的严重X连锁隐性遗传病，导致肌肉组织中抗肌萎缩蛋白表达缺失和进行性肌肉退化。在此，我们提供了来自野生型（WT）、抗肌萎缩蛋白缺陷型（DMD）和杂合子（HET）猪SCs的RNA-seq数据，这些猪模型代表了人类DMD的转化研究模型。从胎儿和3日龄动物中采集肌肉活检样本，经酶消化后进行磁激活细胞分选以纯化SCs。纯化后的细胞在正常生长条件下培养以进行增殖（PROL），并在诱导分化为多核肌管（DIFF）后，提取总RNA进行3′ mRNA-seq。使用NexteraXT制备文库，并在NextSeq550Dx上测序。经过质量控制和去重后，将reads比对到Sus scrofa参考基因组，并使用STAR生成基因计数。

该数据的部分内容此前已在一项更大规模的研究中发表，现作为独立数据集完全开放获取。通过捕获SCs阶段特异性和基因型特异性的转录特征，该数据集为深入了解与抗肌萎缩蛋白缺陷相关的分子缺陷提供了新见解，并可作为未来研究DMD发病机制的参考资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。