PRJDB37346:人类与小鼠杜氏肌营养不良单细胞分析(KAP241023)

该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov,包含对人类与小鼠杜氏肌营养不良(DMD)模型进行的 10X snRNA-seq 单细胞分析数据

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基因组分类Other
PRJDB37346: Single cell analysis of Duchenne muscular dystrophy in human and mouse (KAP241023)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-22

资源简介

PRJDB37346:人类与小鼠杜氏肌营养不良单细胞分析(KAP241023)

PRJDB37346 是一个聚焦杜氏肌营养不良(Duchenne muscular dystrophy,DMD)的单细胞转录组数据集,英文全称为 Single cell analysis of Duchenne muscular dystrophy in human and mouse (KAP241023)。该数据集由 10X snRNA-seq 数据构成,覆盖人类与小鼠两类 DMD 模型,旨在从单细胞核转录组层面刻画疾病相关组织的细胞组成与表达特征。数据集在站内归入肌肉骨骼疾病 / 其他分类,主题标签为 Other,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。作为一项跨物种的单细胞核 RNA 测序资源,它为研究 DMD 这一典型肌肉骨骼系统遗传病的细胞异质性提供了原始数据基础,适合从事神经肌肉疾病、单细胞组学与跨物种比较分析的研究者关注与使用。

【数据集背景】

杜氏肌营养不良是一种严重的肌肉骨骼系统疾病,其研究长期依赖组织学、 bulk 表达谱与动物模型等手段。随着单细胞与单核测序技术的成熟,研究者得以在单个细胞核分辨率上观察肌肉组织中不同细胞类型的转录状态。该数据集正是在这一背景下产生,将人类与小鼠 DMD 模型同时纳入 10X snRNA-seq 分析框架,形成跨物种的单细胞核表达数据集合。数据集名称中的 KAP241023 为其项目标识,PRJDB37346 为对应的数据库登录号,便于在公共序列数据库中定位与检索。

【数据内容】

该数据集的核心内容是 10X snRNA-seq 数据,即基于 10X Genomics 平台的单细胞核 RNA 测序结果,样本涵盖人类与小鼠的 DMD 模型。单核测序以细胞核为分析单元,通常适用于难以制备完整单细胞悬液的组织样本。数据集主题标签为 Other,站内分类为肌肉骨骼疾病 / 其他,说明其未被归入更细的疾病子类。除上述范围性描述外,源站未提供样本数量、测序深度、细胞核数目、基因表达矩阵格式等具体细节。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即美国国家生物技术信息中心(NCBI)相关数据库站点,数据集编号为 PRJDB37346。源站描述明确指出该数据集由人类与小鼠 DMD 模型的 10X snRNA-seq 组成。关于样本采集地点、供体信息、伦理审批、测序平台型号与试剂版本等具体采集信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其跨物种单细胞核转录组的属性,该数据集可用于 DMD 相关组织中细胞类型构成与转录特征的分析,也可用于人类与小鼠模型之间的跨物种比较研究。对于肌肉骨骼疾病领域的单细胞数据整合、细胞注释方法验证以及疾病模型评估等方向,该数据集可作为候选数据资源。需要说明的是,上述适用方向系依据数据类型与疾病主题作出的通用性说明,源站未提供针对该数据集的具体应用案例或分析结论。

【使用方法】

该数据集以 10X snRNA-seq 数据形式提供,使用者通常需按单细胞核转录组的标准流程进行数据下载、质控、比对与表达矩阵构建,再开展降维聚类与细胞类型注释等分析。由于源站未提供该数据集的具体文件组织、矩阵格式与处理参数,实际使用时应以 NCBI 站点上该登录号对应的记录为准,按其提供的下载与说明信息操作。

【质量与限制】

源站仅说明该数据集由人类与小鼠 DMD 模型的 10X snRNA-seq 组成,未提供细胞核数目、测序质量指标、批次信息、重复样本数量或数据完整性评估等内容,因此无法据此判断其质量水平。使用者在分析前应自行完成质控与批次效应评估。此外,跨物种数据在整合时需注意物种间基因注释差异带来的限制。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,登录号为 PRJDB37346。关于具体的引用文献、作者列表、数据许可条款与使用限制,源站未提供,使用者在引用与再分发前应查阅该登录号对应的原始记录以确认相关要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB37346

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集由人类和小鼠DMD模型的10X单核RNA测序(snRNA-seq)数据组成。

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