类风湿关节炎CD4+ T细胞多组学分析数据集

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Affa986affc97178b99be44015d45c1253a38722f6da71eba8820113b1f4616aa

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：CD4+ T细胞被认为是类风湿关节炎(RA)中最与疾病相关的细胞类型，其中RA风险非编码变异对RA驱动基因的调控表现出等位基因特异性效应。本研究旨在利用多组学数据理解CD4+ T细胞中RA特异性特征，解读组学间关系在塑造RA转录组景观中的作用。方法：我们采用高通量技术对82例RA患者和40例健康对照的CD4+ T细胞进行了全基因组变异、基因表达和DNA甲基化分析。我们研究了RA中的差异表达基因(DEGs)和差异甲基化区域(DMRs)，并定位了表达和甲基化的数量性状位点(QTLs)。随后，我们基于个体水平相关性整合这些数据，以探究DEG的调控来源，并利用RA全基因组关联汇总统计数据进行分区遗传力富集分析，研究RA风险变异的潜在调控作用。结果：鉴定出大量RA特异性DEGs(n=2,575)，突出了T细胞分化和活化通路。

RA特异性DMR优先位于T细胞调控区域，与548个DEG的表达水平相关，且这些DEG大多位于同一拓扑关联结构域内。此外，771个和83个DEG的表达变异分别部分由DEG的表达QTL和DEG相关DMR的甲基化QTL所解释。大量RA变异与meQTL呈中度至强相关。DEG相关DMR富集meQTL，并具有强烈富集的RA遗传力。结论：我们的研究结果揭示，由解释RA遗传力的变异所驱动的甲基化组变化，塑造了RA患者CD4+ T细胞中相当一部分DEG的差异表达，进一步强调了在疾病相关组织中采用多维方法的重要性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。