骨髓增生异常综合征来源间充质干细胞的功与基因组异常

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-10822

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数据说明

骨髓增生异常综合征（MDS）是一组造血干细胞的克隆性疾病。间充质干细胞（MSC）是骨髓（BM）基质的祖细胞，并参与MDS的病理生理过程。MDS患者MSC是否存在细胞遗传学异常尚存争议。本研究旨在通过动力学研究、免疫表型分析、荧光原位杂交（FISH）分析及基于微阵列的比较基因组杂交（array-CGH）检测遗传学改变，来表征MDS患者骨髓来源的MSC。研究共纳入32例未经治疗的MDS病例。MDS来源的MSC达到融合的速度慢于供者MSC，且CD105和CD104的抗原表达也较低。Array-CGH研究显示存在DNA基因组改变，但证实这些改变并非体细胞性，且增益比缺失更为常见。Array-CGH的结果经FISH证实。进行无监督层次聚类分析时，识别出两个聚类：其中一个包含5q-综合征患者，而另一个则包含其余MDS患者。

我们的结果首次表明，通过微阵列比较基因组杂交（array-CGH）和荧光原位杂交（FISH）评估，源自骨髓增生异常综合征（MDS）患者的间充质干细胞（MSC）存在基因组异常，其中一些异常与特定的MDS亚型特别相关。关键词：间充质细胞间的基因组比较。研究纳入了来自“新发”MDS的32份骨髓细胞样本，对应29名患者。男女比例为14/15，中位年龄为70岁（范围34-89岁）。MDS诊断依据外周血计数和形态学、骨髓形态学及细胞遗传学分析确立，并根据世界卫生组织（WHO）的提议进行分类。12名患者的特征总结于表1。有三名患者在研究中被纳入两次：分别在诊断为难治性贫血（RA）（病例2）和两例未分类MDS（病例29、30）时，以及在进展为RAEB-2（病例16、20和18）时。在此期间，除支持治疗外，他们均未接受其他治疗。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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