人类椎间盘退变单细胞与遗传整合分析数据
ZIP包含：分析代码（Python、R）；软件环境；基于五个公共GEO研究构建的精选人类椎间盘单细胞图谱（27个样本、123,627个细胞、11种细胞类型）和黄韧带图谱（5个样本、23,680个细胞），格式为AnnData对象；scDRS单细胞评分；MAGMA协变量和基因属性结果（包括leave-o
基本信息
资源简介
人类椎间盘退变单细胞与遗传整合分析数据
ZIP包含：分析代码（Python、R）；软件环境；基于五个公共GEO研究构建的精选人类椎间盘单细胞图谱（27个样本、123,627个细胞、11种细胞类型）和黄韧带图谱（5个样本、23,680个细胞），格式为AnnData对象；scDRS单细胞评分；MAGMA协变量和基因属性结果（包括leave-o
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：文章《Integrative single-cell and genetic analysis links fibroblast-like cells and loss of NP-like chondrocytes to human intervertebral disc degeneration》的代码、处理后数据和补充结果。ZIP包含：分析代码（Python、R）；软件环境；基于五个公共GEO研究构建的精选人类椎间盘单细胞图谱（27个样本、123,627个细胞、11种细胞类型）和黄韧带图谱（5个样本、23,680个细胞），格式为AnnData对象；scDRS单细胞评分；MAGMA协变量和基因属性结果（包括leave-one-study-out）；脊髓退变共同遗传因子和骨质疏松的MAGMA基因水平结果；bulk验证数据；图表、结果表和补充表。详见ZIP内的README.md。不包含个体水平数据、不包含FinnGen或Pan-UK Biobank源文件，也不包含SNP水平汇总统计。
【主题与分类】
主题标签：椎间盘退变、单细胞图谱、遗传分析、scDRS、MAGMA、AnnData、肌肉骨骼系统疾病。本站分类：肌肉骨骼系统疾病。
【获取与许可】
源站页面：https://doi.org/10.5281/zenodo.23297785
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23297785
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
文章《整合单细胞与遗传分析将成纤维样细胞及NP样软骨细胞丢失与人类椎间盘退变相关联》的代码、处理后数据和补充结果。该ZIP文件包含：分析代码（Python、R）；软件环境；基于五项公开GEO研究（27个样本、123,627个细胞、11种细胞类型）构建的精选人类椎间盘单细胞图谱，以及黄韧带图谱（5个样本、23,680个细胞），均以AnnData对象形式提供；scDRS单细胞评分；MAGMA协变量和基因属性结果（包括留一研究法）；针对脊柱退变共同遗传因素和骨质疏松症的MAGMA基因水平结果；批量验证数据；图表、结果表格和补充表格。详见ZIP内的README.md。不包含个体水平数据、FinnGen或Pan-UK Biobank源文件以及SNP水平汇总统计量；这些可从原始提供方获取。所有其他输入数据均为公开GEO数据集。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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