酿酒酵母细胞骨架马达蛋白免疫纯化结果

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-35343

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

随附数据集是一项系统研究的成果，旨在识别与酿酒酵母细胞骨架马达蛋白相关的RNA货物。我们通过使用整合的C端GFP和9Myc标签，免疫纯化了酿酒酵母中的五种肌动蛋白马达蛋白Myo1、Myo2、Myo3、Myo4和Myo5；驱动蛋白样蛋白Kar3、Kip1、Kip2、Kip3和Smy1；以及动力蛋白Dyn1。细胞分别用甲醛或小分子latrunculin B处理。我们利用甲醛交联来稳定免疫沉淀前马达蛋白与相互作用RNA之间的关联。在丰富培养基中指数生长的酵母细胞经甲醛处理、裂解和超声破碎后，与偶联了抗9Myc或GFP单克隆抗体的磁珠孵育，以分离带标签的马达蛋白及其相关的RNA。免疫沉淀后，甲醛交联被逆转，富集的RNA和从相应总裂解液中纯化的RNA分别用Cy5和Cy3扩增和标记，然后共同杂交到定制的酿酒酵母寡核苷酸微阵列上（Hogan等，PLoS Biology，2008）。

或者，向活细胞中添加低浓度的latrunculin B（2微克/毫升）以部分溶解肌动蛋白细胞骨架，无需化学交联剂即可成功免疫沉淀马达蛋白及相关mRNA。在latrunculin B和甲醛处理两种情况下，我们也进行了免疫沉淀实验，其中未标记的亲本酵母菌株按照与标记菌株相同的方式处理并进行微阵列分析（标记为模拟）。转录谱分析

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。