骨髓中的人类记忆T细胞处于静息状态并维持长效记忆

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-50677

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了在转录水平上比较健康个体外周血（PB）和骨髓（BM）中的人类记忆CD4+ T细胞亚群，我们分析了来自4对配对PB和BM样本的离体PB CD69-以及BM CD69-和CD69+记忆CD4+ T细胞的全局基因表达。此外，还将这些亚群的基因表达与8个离体或经佛波醇肉豆蔻酸乙酸酯（PMA）和离子霉素刺激3小时的PB样本的转录谱进行了比较。从4对配对的骨髓和血液样本（两男两女）或来自另一队列的8个血液样本（3男5女）中分离出三种离体记忆CD4+ T细胞亚群（来自骨髓的CD4+CD45RO+CD69+和CD4+CD45RO+CD69-细胞；来自外周血的CD4+CD45RO+CD69-细胞）。经FACS评估，分选细胞的纯度高于95%。随后，将来自8个血液样本的纯化细胞的一部分用佛波醇肉豆蔻酸乙酸酯/离子霉素（PMA/iono）刺激3小时，并用作高对照。使用NucleoSpin RNA XS试剂盒（Macherey-Nagel）或RNeasy Mini试剂盒（Qiagen）提取每个细胞亚群的总RNA。

采用Agilent 2100 Bioanalyzer（Agilent，Waldbronn，德国）和NanoDrop ND-1000分光光度计（NanoDrop Technologies，Wilmington，DE）评估每个样本中分离RNA的完整性和数量。使用Message AmpII Biotin（Ambion，美国）从1 M-BM-5g总RNA合成双链互补RNA。将每个样本15微克片段化的cRNA与28张HG-U133A plus 2.0 GeneChips（Affymetrix）杂交。杂交在Hybridization Oven 640中进行，芯片在Fluidics Station 400（均为Affymetrix产品）中洗涤和染色。最后，使用GeneChip Scanner 3000和GCOS软件1.4版（均为Affymetrix产品）扫描阵列。所有通过质量检查的微阵列相关GCOS数据均使用High Performance Chip Data Analysis（HPCDA，未发表）进行分析，使用BioRet

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。