不同性质聚合物支架上培养的人骨髓基质细胞
本数据集来自 omicsdi.org，属于肌肉骨骼系统疾病/其他分类，主题为 Transcriptomics。数据为 Microarray 分析，用于评估单一供体人骨髓基质细胞（hBMSCs）在多种聚合物组织工程支架上培养后的表达差异
基本信息
资源简介
不同性质聚合物支架上培养的人骨髓基质细胞
本数据集收录了关于人骨髓基质细胞（hBMSCs）在具有不同理化性质的聚合物支架上培养后基因表达变化的研究数据。该数据通过微阵列分析，评估了来自单一供体的hBMSCs在多种基于聚合物的组织工程支架上培养后的表达差异。结果显示，hBMSCs的基因表达模式能够根据所接触的支架类型进行分组。研究中合成了一系列由聚己内酯（PCL）或聚D,L-乳酸（PDLLA）制备的支架，并将hBMSCs在这些支架上培养14天，分别在第1天和第14天提取细胞RNA。基因表达分析使用BRB ArrayTools完成。该数据集属于肌肉骨骼系统疾病/其他分类，主题标签为Transcriptomics，来源于omicsdi.org。
【数据集背景】
组织工程领域致力于通过结合细胞、支架和生物活性分子来修复或再生受损组织。人骨髓基质细胞（hBMSCs）因其多向分化潜能而被广泛用于骨组织工程研究。支架的物理和化学性质，包括材料组成、表面形貌和三维结构，被认为能够显著影响细胞的命运和行为。本数据集所涉及的研究正是基于这一背景，旨在通过微阵列分析系统性地评估不同聚合物支架对hBMSCs基因表达的影响。研究中使用的支架材料包括聚己内酯（PCL）和聚D,L-乳酸（PDLLA），并涵盖了多种结构形式，如气体发泡（GF）、旋涂（SC）、大纳米纤维（BNF）、小纳米纤维（SNF）和自由成型制造（FFF）等。此外，还设置了组织培养聚苯乙烯（TCPS）以及添加成骨补充剂的组织培养聚苯乙烯（TCPS+OS）作为对照条件。
【数据内容】
该数据集的核心内容是微阵列分析产生的基因表达数据。实验设计涉及将来自单一供体的hBMSCs在多种聚合物支架上培养，并在第1天和第14天两个时间点提取RNA进行表达谱检测。总共产生了72张微阵列数据。这些数据用于比较不同支架条件下hBMSCs的基因表达差异，并揭示基因表达模式与支架类型之间的关联。源站描述中提到，该72张微阵列数据此前已用于Kumar等人的出版物，该出版物探讨了通过控制三维支架结构来决定干细胞命运。数据主题标签为Transcriptomics，表明其属于转录组学范畴。
【采集与来源】
数据来源于omicsdi.org。根据源站描述，实验过程包括：合成由PCL或PDLLA制备的支架库，将hBMSCs在这些支架上培养14天，并在第1天和第14天提取RNA。基因表达分析使用BRB ArrayTools进行。支架类型包括GF、SC、BNF、SNF、FFF、TCPS和TCPS+OS。细胞来源为单一供体的人骨髓基质细胞。关于供体的具体信息、伦理审批细节、RNA提取的具体方法、微阵列平台信息以及BRB ArrayTools的具体分析参数，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于转录组学相关研究，特别是涉及人骨髓基质细胞与聚合物支架相互作用的基因表达分析。潜在的应用场景包括：研究不同支架材料或结构对干细胞基因表达模式的影响；比较不同时间点（如第1天与第14天）细胞对支架的响应；探索组织工程支架设计对干细胞命运决定的分子机制；以及作为生物信息学分析的输入数据，用于差异表达基因筛选、通路富集分析或聚类分析等。此外，该数据也可用于方法学参考，例如在类似实验设计中采用BRB ArrayTools进行微阵列数据分析。
【使用方法】
使用者可以基于该数据集进行基因表达差异分析，比较不同支架条件下hBMSCs的转录组变化。由于数据涉及两个时间点（第1天和第14天），可以进行时间序列分析或纵向比较。支架类型作为分组变量，可用于识别与特定支架性质相关的基因表达特征。分析工具方面，源站描述中提及使用BRB ArrayTools进行基因表达分析，因此使用者可参考该工具进行类似处理。关于数据的具体格式、下载方式、预处理步骤以及是否提供原始数据或标准化数据，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的一个显著特点是使用了单一供体的hBMSCs，这有助于减少个体间遗传背景差异带来的变异，但也可能限制结论的普适性。实验设置了多个支架类型和两个时间点，共72张微阵列数据，样本量相对充足。然而，关于微阵列数据的质量评估、重复次数、标准化方法、批次效应处理以及验证实验（如qPCR）等信息，源站未提供。此外，源站描述中未提及数据的缺失值情况、离群值处理或统计显著性阈值等细节。因此，使用者在解释结果时需考虑这些潜在限制。
【引用与许可】
源站描述中提到，该72张微阵列数据此前已用于Kumar等人的出版物，该出版物探讨了通过控制三维支架结构来决定干细胞命运。关于该数据集的具体引用格式、许可协议、使用条款或数据访问权限，源站未提供。使用者应参考原始出版物或联系数据提供方以获取引用和许可信息。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-50743
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
采用微阵列分析评估来自单一供体的人骨髓基质细胞(hBMSCs)在不同聚合物基组织工程支架上的表达差异。结果显示，hBMSCs的基因表达模式按支架类型分组。制备了由聚己内酯(PCL)或聚D,L-乳酸(PDLLA)制成的支架库，并与hBMSCs培养14天，分别在第1天和第14天从细胞中提取RNA。使用BRB ArrayTools进行基因表达分析。GF = 气体泡沫，SC = 旋涂，BNF = 大纳米纤维，SNF = 小纳米纤维，FFF = 自由形式制造，TCPS = 组织培养聚苯乙烯，TCPS+OS = 含成骨补充剂的组织培养聚苯乙烯。这72个微阵列数据曾用于以下出版物：Kumar等人，通过控制细胞形状由3D支架结构决定干细胞命运，Biomaterials (2011) 32, 9188-9196。一个包含24个微阵列的配套数据集已单独提交至GEO，编号为GSE50744，并将引用Baker等人，《培养于3D支架或2D膜上的人骨髓基质细胞全局基因表达差异的本体论分析》。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络，提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
