在3D纳米纤维支架或2D薄膜上培养的人骨髓基质细胞

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-50744

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

采用微阵列分析，评估来自单一供体的人骨髓基质细胞（hBMSCs）在不同聚合物基组织工程支架上的表达差异。这些支架包括聚己内酯（PCL）纳米纤维（PCL_NF）、薄膜（PCL_SC）、聚D，L-乳酸（PDLLA）纳米纤维（PDLLA_NF）、薄膜（PDLLA_SC）、组织培养聚苯乙烯（TCPS）以及添加成骨补充剂的TCPS（TCPS_OS）。结果显示，支架结构能显著影响基因表达，其中纳米纤维支架诱导的基因表达模式与在成骨培养基中培养的hBMSCs相似。制备了由聚己内酯或聚D，L-乳酸构成的支架库，并与hBMSCs共培养14天，分别在第1天和第14天从细胞中提取RNA。使用BRB ArrayTools进行基因表达分析。SC=旋涂，BNF=大纳米纤维，TCPS=组织培养聚苯乙烯，TCPS+OS=添加成骨补充剂的组织培养聚苯乙烯。此数据是待发表论文的一部分：Baker等人。

人类骨髓基质细胞在3D支架或2D薄膜上培养的全局基因表达差异的本体分析，并且是（Kumar等人通过控制细胞形状决定3D支架结构中的干细胞命运，Biomaterials (2011) 32, 9188-9196）中引用的72个阵列数据的子集。这72个阵列数据集已单独提交至GEO，编号为GSE50743。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。