标注 interleukin-23 与 interleukin-17 通路应答的银屑病皮肤微阵列协调数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23428092

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 517.1 MB。

数据说明

来自六个GEO系列（GSE117468、GSE117239、GSE51440、GSE30999、GSE13355以及GSE57376的皮肤芯片数据）的统一银屑病皮肤微阵列数据集，涵盖IL-23、IL-17和TNF抑制剂试验以及一个未经治疗的病例对照队列，全部基于Affymetrix HG-U133 Plus 2.0设计（卡盒式和HT PM板），并由原始CEL文件经RMA重新处理。样本表包含1,313条记录（受控词表；本版本已移除芯片扫描日期），经校验和去重后对应1,146个不同芯片；其中1,127个规范芯片通过质量控制。探针集按照书面规则映射至Ensembl release 116的21,596个基因特征。该记录包含每个处理单元的探针集水平和基因水平RMA矩阵、用于探索的ComBat前后合并层（1,056个芯片）、身份与QC表、检测调用、模块评分、映射表和校验和。银屑病关节炎扩展层（5个系列，滑膜和皮肤，保留164个样本）包含在单独文件夹中。每个系列均在其自身平台内单独标准化，系列之间从未联合标准化。

ComBat（协调化）矩阵仅供探索和可视化使用。用于推断时，应在每个系列或批次内部分析（使用按系列或按批次的矩阵，或使用以系列为因子的未校正矩阵），并通过系列内效应量的随机效应荟萃分析来合并各系列。不要合并不同归一化批次的样本（例如，在合并样本中对基因或评分进行相关性分析），因为系列间归一化和平台的差异可能会产生或掩盖关联。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。