H3+氧化线粒体DNA复合物对骨髓来源树突状细胞的影响

该数据集来自NCBI GEO,研究H3+氧化线粒体DNA复合物对骨髓来源树突状细胞的影响。细胞经处理后裂解并进行转录组测序,获得高通量表达谱数据

geo
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基因组预测GPL2833010090
GSE351964: Effect of H3+oxidized mitochondrial DNA complex on bone marrow-derived dendritic cells

基本信息

模态
基因组
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-11-08

资源简介

H3+氧化线粒体DNA复合物对骨髓来源树突状细胞的影响

GSE351964 数据集来自 NCBI GEO,主题为 H3+氧化线粒体DNA复合物对骨髓来源树突状细胞的影响。研究者对经该复合物处理的骨髓来源树突状细胞进行裂解,并开展转录组测序,从而获得高通量表达谱数据。该数据集归入肌肉骨骼系统疾病 / 其他分类,包含 1 个数据文件,样例文件为 GSE351964_series_matrix.txt.gz,由 Aqu、Alu 提交,发布时间为 Oct 23 202。整体上,它提供了一个以骨髓来源树突状细胞为对象、围绕 H3 与氧化线粒体DNA复合物处理效应的高通量表达谱资源。

【数据集背景】

该数据集关注 H3+氧化线粒体DNA复合物对骨髓来源树突状细胞的作用。源站描述指出,研究目的是考察 H3-氧化线粒体DNA对骨髓来源树突状细胞的影响,细胞随后被裂解用于转录组测序。主题标签中包含 Expression profiling by high throughput sequencing,表明其数据属于高通量测序驱动的表达谱研究。数据集被本站归入肌肉骨骼系统疾病 / 其他分类,但源站未提供该分类与具体疾病机制之间的进一步说明。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE351964_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。主题标签还列出 GPL28330 与 10090,分别对应平台与物种相关标识。源站描述仅说明细胞经处理后裂解并进行转录组测序,未提供样本数量、分组设计、测序深度、表达基因数目等具体细节,相关内容源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI GEO 数据资源。作者信息为 Aqu、Alu,发布时间为 Oct 23 202。源站描述说明实验流程为:处理骨髓来源树突状细胞后裂解细胞,并进行转录组测序。除上述信息外,样本制备、测序平台运行参数、试剂与处理浓度等实验细节源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于考察 H3+氧化线粒体DNA复合物处理后骨髓来源树突状细胞的转录组表达变化,适合作为高通量表达谱分析的数据资源,用于差异表达、表达模式比较等通用转录组研究场景。由于本站分类为肌肉骨骼系统疾病 / 其他,也可能在相关疾病背景下的免疫细胞表达谱研究中作为参考数据使用。具体适用分析类型与生物学结论需结合源站原始信息判断,源站未提供针对特定分析流程的说明。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE351964_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因字段解析或编码不一致导致后续分析错误。源站未提供额外的预处理步骤、标准化方法或分析脚本说明。

【质量与限制】

数据集仅有 1 个文件,样例为系列矩阵文件,源站未提供样本量、重复数、测序质量指标或数据完整性说明。由于源站描述较为简略,实验设计、处理条件与对照设置等关键信息源站未提供,使用时应以源站原始记录为准,并注意数据规模与设计信息对分析结论的影响。

【引用与许可】

作者为 Aqu、Alu,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,发布时间为 Oct 23 202。源站未提供具体的引用格式、许可条款或使用限制说明,相关引用与许可信息源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE351964

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

研究H3氧化的线粒体DNA对骨髓来源树突状细胞的影响。随后裂解细胞进行转录组测序。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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