hEDS与HSD真皮成纤维细胞miRNome与转录组多组学整合

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE341764

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数据说明

过度活动型埃勒斯-当洛斯综合征（hEDS）和过度活动谱系障碍（HSD）是基于纯临床依据诊断的结缔组织疾病，尚无经验证的分子生物标志物可对二者加以区分。基于我们此前的转录组学证据——即hEDS与HSD真皮成纤维细胞共享重叠的失调通路——我们研究了通过微小RNA（miRNA）介导的转录后调控是否也在两种疾病之间趋同。我们对来自12例hEDS、12例HSD和24例健康对照的真皮成纤维细胞进行了miRNome测序，随后进行qPCR验证，并与先前生成的RNA-seq数据进行整合。在hEDS与HSD之间未发现差异表达（DE）的miRNA，而两组均与对照组存在显著差异，支持将二者重新归类为单一实体（hEDS/HSD）。合并分析相对于对照组鉴定出88个DE-miRNA（42个上调、46个下调），并已在独立队列中通过qPCR验证。

将经验证的miRNA靶点与先前鉴定的差异表达基因整合后，发现415个重叠基因，这些基因富集于ECM重塑、TGF-β/Wnt/Hippo信号传导、黏着斑和细胞骨架组织，同时还存在一个由炎症/趋化因子驱动的独特亚群。这些发现表明hEDS/HSD成纤维细胞中ECM和炎症通路存在转录及转录后水平的协同失调，强化了共享分子连续体的概念，并为未来的生物标志物和治疗研究提供了候选miRNA–mRNA调控轴。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。