Aldh1a2条件性失活发育肢体分子分析揭示视黄酸介导指间凋亡机制[RNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE335520

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

视黄酸（RA）在胚胎发育及出生后生命中发挥着众多功能。特别是，RA在肢体发育中的功能与指间细胞死亡相关。然而，RA信号传导参与指间细胞死亡的分子机制仍不清楚。为了深入了解所涉及的机制，我们采用条件性方法使RA催化酶Aldh1a2失活，从而消除远端肢体的RA信号传导。我们的数据首先显示，Aldh1a2突变体肢芽的特征是指间区域缺乏细胞凋亡，这在出生时导致非常严重的并指畸形表型。对Aldh1a2突变体远端肢芽的分子分析表明，RA调控指间组织中与肢体细胞凋亡及细胞外基质降解相关的若干关键基因的表达。这些基因在Aldh1a2突变体肢芽中表达降低，与其调控元件（结合视黄酸受体）活性降低相关，支持这些基因是RA直接靶标的观点。

我们还在Aldh1a2条件性突变体中发现了轻微的骨骼缺陷，因为新生儿的手指/脚趾较小。后一种表型与对软骨细胞分化和增殖重要的基因表达降低相关，尤其是Ihh、Focx2和Igf1。最后，我们表明Aldh1a2的远端表达依赖于Hoxa13和Hoxd13的功能，从而建立了一个负责指/趾间组织退化的分子事件级联。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。