BAZ1A抑制剂C06处理人FSHD永生化肌管的RNA-seq全局基因表达分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE334189

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

面肩肱型肌营养不良症（FSHD）由疾病位点的表观遗传失调引起，导致DUX4在骨骼肌中的致病性错误表达。我们确定BAZ1A（溴结构域邻近锌指结构域蛋白1A）是FSHD治疗开发的一个有前景的靶点，并鉴定出一种名为C06的小分子化合物，该化合物在体外与BAZ1A结合，是DUX4的有效抑制因子。为了确定C06活性的全局特异性，我们对用不同浓度C06处理的FSHD肌管进行了RNA-seq，并比较了基因表达谱。在低浓度下，C06使DUX4基因表达特征恢复到更健康的谱型，而对肌肉转录组没有重大影响。因此，C06是有效且特异性抑制DUX4的有用工具，也是进一步开发的可行候选物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。