BMP7衍生肽p[63-82]暴露后的人关节软骨细胞RNA-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE324566

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

骨关节炎是一种退行性关节疾病，目前只能通过缓解疼痛或最终进行全关节置换来治疗。骨形态发生蛋白7衍生肽p[63-82]为骨关节炎提供了一种潜在的新型分子治疗选择。绘制肽诱导的人关节软骨细胞转录组变化图谱，有望帮助揭示p[63-82]如何发挥其调节软骨细胞表型的生物活性。为此，从接受全膝关节置换术的晚期骨关节炎患者的关节软骨中分离人关节软骨细胞（经METC批准）。用100 nM p[63-82]肽刺激细胞24小时（或溶剂对照），之后分离RNA并进行RNAseq。我们共发现1976个差异表达基因。p[63-82]肽在原代人关节软骨细胞中诱导了深刻的转录组变化。其中主要的转录组改变之一是多个胶原相关基因的差异表达。这些胶原相关基因中的许多已在软骨稳态中确立了作用。

此处获得的转录组学见解为p[63-82]肽在人关节软骨细胞中的治疗作用机制提供了线索。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。